100bpm

心臓マッサージのリズム

R言語で学びたいことの覚書を呟く

• テキストマイニング
• フィールド疫学と空間疫学
• ネットワーク分析

まずは、こことかここのRに関する投稿の振り返りから始めるとするか。

マイ・ディストリの開発のメモ

Mozilla Firefox3

ブックマーク
　　Connotea　http://www.connotea.org/cloud
　　PubMed　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
　　WONCA　http://www.globalfamilydoctor.com/
　　日本プライマリ・ケア学会　http://www.primary-care.or.jp/
　　日本家庭医療学会　http://jafm.org/
　　日本総合診療医学会　http://www.jsgm.org/
スマートブックマーク
　　厚生省新着情報
　　UMIN新着情報
検索プラグイン
　　PubMed
　　添付文書
　　英辞郎
アドオン
　　R Site Search http://addictedtor.free.fr/rsitesearch/
　　PubConn 　http://www.connotea.org/wiki/PubConn
　　Pubmed2Connotea　http://lindenb.integragen.com/pubmed2connotea/
　　Entity Describer　http://www.entitydescriber.org/
　　Greasemonkey　http://www.greasespot.net/
　　gDocsBar　http://www.gdocsbar.com/

AdobeAir2

Lyx
　プレゼン、年賀状など。

R＋Rcmdr　http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/
ゲーム
　　囲碁　gnugo+quarry
　　将棋　GPSshogi+将棋所　http://shogiubuntu.blog60.fc2.com/blog-entry-28.html

文献管理ソフト
　　Mendeley + CiteULike

Androidとの連携
　Podcasts
　　NEJM　http://content.nejm.org/misc/podcast.dtl
　　JAMA　http://jama.ama-assn.org/misc/audiocommentary.dtl
　　The Lancet　http://www.thelancet.com/audio
　　BMJ　http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/
　　Annals　http://media.acponline.org/feeds/annals.xml

DICOMビューア　＊使用感を試して絞る。
　　Aeskulap　http://www.nongnu.org/aeskulap/
　　Kradview　http://www.orcero.org/irbis/kradview/
　　openDICOM.NET　http://opendicom.sourceforge.net/

その他
　emacs
　zsh
　screen
　dropbox
　データベースは？

家庭医療関連リンク一覧

久しぶりの投稿が、メモ風リストってのも気が引けますが、

• Wonca
• Wonca Europe
• Wonca APR
• AAFP(American Academy of Family Physicians)
• ABFP(American Board of Family Practice)
• AFPA(Association of Family Practice Administrators)
• AFMRD (Association of Family Medicine Residency Directors)
• STFM(Society of Teachers of Family Medicine)
• NAPCRG (North American Primary Care Research Group)
• IFPCRN (The International Federation of Primary Care Research Networks)

Ubuntuとの関わり

　自作PCにUbuntu Ultimate Editionを入れてから、Giverがデフォルトで入ってるくらいだから、あまり足すものもなくて、カスタマイズにかける情熱が失せてしまっている。HT-03Aを購入してそちらにかける時間が増えたせいとか、Chrome OSの開発が公表されてLXDEベースのオリジナルOSを作る意欲が削がれてしまったせいとかもあるのだけれど。それはそれでUbuntu自体が手を加えなくても充分実用になるってことを意味するわけだから、喜ばしいことである。
　今後は、Ubuntuをいじることよりも、Ubuntuで何がしかの成果を生むそんな段階に入っていかなければならないような気がしている。

Google OSを予想してみる

　実は、PCユーザの大半は、OSとブラウザの違いを知らなかったりする。それでOSとブラウザをシームレスにしようというアイディアは過去にもあった。例えば、アップルのCyberDogやマイクロソフトのWindows＋IEなど。それらが頓挫して、三度目の正直、GoogleがどんなOSを見せてくれるのか、ワクワクしている。Google Chrome＋Android環境＋LAMP＋Python＋JAVA＋…素人の私があれこれ詮索しても始まらないのだが。
　Openbox＋Google Chromeあたりで、疑似体験できるのかな？

Android前夜

次にようなニュースが舞い込んだ。

• GoogleのAndroidケータイ「HT-03A」に隠しメッセージ（イースターエッグ）があった。
• 大修館書店とイースト、ドコモ「HT-03A」に英和・和英・国語辞典を無料提供

一年後、Chrome OSとどのようなコラボレートができるようになっているのか楽しみです。

Tomboyの後継？ Gnote

monoのプラットフォームを捨てて、C++でコードを書き直したもののようです。端末から、下記のコマンドを打ってインストールできます。Dropboxとの合わせ技が便利。

echo "deb http://ppa.launchpad.net/gnote/ppa/ubuntu jaunty main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/gnote.list
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 5AAB5553
sudo apt-get update
sudo apt-get install gnote

gPodderとiPodの同期

　今までがこれが出来なくて色々とプレーヤを物色していましたが、synapticからpython-pymadとpython-eyed3というモジュールをインストールすればいいだけの話だったみたい。これでNEJMのポッドキャストを持ち出して旅のお供に出来ます。

ubuntuのブラウザ三国志

1. Mozilla Firefox 3.5 (Shiretoko)：　何て言っても豊富なアドオンが魅力、UbuntuにおけるIEですもんね。コードネームが北海道の地名ってのがいいね。
2. Opera Unite：　ブラウザを使って自分のパソコンをサーバーにできる。
3. Google Chrome：　シンプルなインターフェイスとGoogleが開発ということでの将来性。

　日本語のフォントの美しさは、Firefoxが抜きん出てます。使用感、体感速度はおいおい使い比べてみてから。

Google Squared

　"Google Squared"ってサービスが出て、学生時代の表の暗記を思い出した次第です。画像のキャプチャは、PixlrというFirefoxのアドオンを使用しました。画像処理サービスPixlrと連携できるのが、便利。

AndroidとUbuntu

　AuでソニーエリクソンあたりからAndoroid携帯の発表を期待していたのですが、この夏はDocomoのHT-03Aのみのようですね。発売されたら、Docomoに出戻りの予定。Ubuntu 9.10では、AndroidExecutionEnvironmentが標準で搭載されるようですしね。

Carpe diem: "tint"の時間表示

　直接エディターで/home/name/.config/tint/tintrcを編集してやればいいのですが、そのときQuoVadisとかの欧米の手帳風に第何週とか今年の何日目とかの表示もできます。そのパラメータ一覧は下記の通り。

日

• %j 　3 桁で先頭にゼロを含む年間での日付

週

• %U 　指定した年の週番号。最初の日曜日を第一週の開始日とする
• %V　 ISO-8601:1988 で規定された、指定した年の週番号。 週の開始日は月曜日で、第 1 週は少なくとも 4 日はあることになる 01 から 53
• %W 　その年の週番号の数値表現。最初の月曜日を最初の週の初日とする

「Rによる」と「Rで学ぶ」データサイエンス

　この本をさらに充実した「Rで学ぶデータサイエンス（全8巻）」の発行予定日がAmazonにあったので、目次といっしょにアップしときます。

1.カテゴリカルデータ解析(2010年2月刊行予定)

1. カテゴリカルデータの取り扱い
2. カテゴリカルデータの集計とグラフ表示
3. 比率に関する分析
4. ２元分割表の解析
5. ３元分割表の解析
6. ロジスティック回帰分析
7. ポアソン回帰分析
8. 対数線形モデルによる解析
9. 対応分析
10. 樹形モデル
11. 数量化の諸方法

2.多次元データ解析法(2009年9月刊行予定)

1. 統計学の基礎
2. Rの基礎
3. 線形回帰モデル
4. 判別分析
5. ロジスティック回帰モデル
6. 主成分分析法
7. 対応分析法
8. 因子分析法
9. 正準相関分析法
10. 多次元尺度法
11. クラスター分析法

3.ベイズ統計データ解析(2010年1月刊行予定)

1. ベイズ統計解析の基本
2. 回帰モデルに関するベイズ推測
3. 複雑なモデルのための計算法
4. MCMC法
5. 階層的なベイズモデル
6. 判別分析とパターン認識
7. 状態空間モデルによるベイズ解析
8. トレンドの推定と季節調整
9. 時変係数ARモデル
10. 時変係数VARモデル
11. 非ガウス型モデル
12. ヒューマンインタフェースにおけるデータ解析の事例
13. 動的生産関数解析の事例

4.ブートストラップ入門(2010年1月刊行予定)

1. Rの使用準備とデータ解析の基礎
2. ブートストラップ法の概説
3. 信頼区間の構成
4. 仮説検定
5. 回帰分析
6. 時系列データ解析
7. 効率的リサンプリング法

5.パターン認識(2010年2月刊行予定)

1. はじめに
2. 判別分析
3. ロジスティック回帰
4. k-近傍法
5. 密度推定
6. k-平均法
7. 階層的クラスタリング
8. 判別能力の評価
9. 混合正規モデル
10. 学習ベクトル量子化
11. サポートベクトルマシン
12. ミニマックス確率マシン
13. ブースティング
14. 2値判別から多値判別へ

6.マシンラーニング(2009年6月刊行予定)

1. 序論
2. 重回帰
3. ノンパラメトリック回帰
4. Fisherの判別分析
5. 一般化加法モデル(GAM)による判別
6. 樹形モデルとMARS
7. ニューラルネットワーク
8. サポートベクターマシン(SVM)
9. 生存時間解析

7.空間データ解析(2009年9月刊行予定)

1. 地理空間データ
2. 地理空間データの可視化
3. 地理空間分布パターン
4. ネットワーク分析
5. 地理空間相関分析
6. 立地分析

8.ネットワーク分析(2009年10月刊行予定)

1. ネットワークデータの入力
2. 最短距離
3. ネットワーク構造の諸指標
4. 中心性
5. ネットワーク構造の分析
6. ネットワークの類似性
7. ネットワーク指標の有意性検定
8. モチーフ
9. 複雑ネットワーク
10. グラフ描画

PLOS One × Connotea, CiteULike

　オープンジャーナルの老舗とも言えるPLOS Oneがオンライン文献管理サービスのCiteUlike、Connoteaといつの間にかコラボレーションしてました。

新型インフルエンザとQuantum GIS

　まだ新型インフルエンザの症例が確認されていない札幌でも、マスクが店頭から消えてしまい、NEJMでも新型インフルエンザには力をいれているようで、新型インフルエンザマップが開設されました。私も便乗して、LXubuntuに、Quantum GISというオープンソースのGISソフトをインストールしてみました。下記のレポジトリを追加すればインストールできます。

deb http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main

Open PGP鍵は、こちらです。

　画像では、空間統計学用のパッケージmaptoolsをインストールしたRも起動させてみました。

LXDE: パネルをtintに

　ここを参照して、tintとtrayerをインストールして、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを下のようにしてみました。

@lxde-settings
@xscreensaver -no-splash
@tint
@trayer --expand true --transparent true --alpha 255 --edge bottom --align right --expand true --SetDockType true --widthtype request --margin 130)
@pcmanfm -d

ちょっと感傷的に

　タバコの煙が街角から消え、温暖化で吐く息が見えることが少なくなって、高まる見えないウイルスのリスク。危険なものは見えるようにしておいた方がいいという、一つの教訓。

テキストからマインドマップ

　オンラインで出きることはオンラインでと思い、探してみたらありました。テキストからマインドマップを作るサービス！名前もそのまんま、"Text2MindMap"、酔っ払った頭の体操にまたPrismアプリを作っちゃいました。Twitter風投稿ですね…

OpenDoc再来？ LXDEでPrism

　ジョッブズが復帰する前のAppleが描いた絵は、こんな世界だったのだろうか？ネットのインフラが揃う前にOpenDocとかCyberDogとかというものをデザインしたAppleは、まるでギリシア人の直接の遺伝子を発現させたかのよう…

• オフィス Google Docs http://docs.google.com/
• 文献管理 CiteULike http://www.citeulike.org/
• 画像エディタ Pixlr http://www.pixlr.com/
• 囲碁 Cosumi http://www.cosumi.net/

わざわざアプリ化しなくてもブックマークでいいんでないかい？、って気もするが。

「ライブCDの部屋」復活おめでとうございます…

　「ライブCDの部屋」が復活し、早速、私が今ハマっているLxubuntuの9.04を公開してくださってます！GWはずっと仕事なので、明けてからになりますが、これをベースにMyDistroを作ってみることにします。当面の課題は、

• Firefox＋Greasemonkey＋WriteRoom for Google Docs
• Prism＋Gdocs＋Appnr
• OpenboxとConkyのカスタマイズ

あたりかな。Rによるネットワーク分析も等閑になってるけど。

　忌野清志郎さんを殺した煙草にも、よい効果があるという論文も…

"Nicotine-induced brain metabolism associated with anger provocation"

時代がヒステリックになっている要因に煙草が駆逐されつつある世相もあるのかもね。

LXDEのパネルをlxpanelからfbpanelに変更

　openboxのメニューからいろいろ出来るようになるとパネルが鬱陶しい。そこでパネルをlxpanelからautohideの機能があるfbpanelに変更してみた。

• まず、/usr/share/fbpanel/に、ここをコピペしてdefaultファイルを設置する。
• 次に、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを編集して、"@lxpanel --profile LXDE"を"@fbpanel --profile default"とする。

これで再起動して、fbpanelのconfigureからGeneral > PropertiesのAutohideをチェックして、目的達成！

OpenboxでRSSリーダ

　Openboxには、pipemenuという仕組みがあり、プラグインのように機能を拡張することが出来る。なかでもfeeder.pyというのはRSSフィードを読むことが出来て便利。手順は次の通り。

• まず、python-feedparserをインストールしておく。シナプティックで可能。
• その後、スクリプトを/usr/share/lxde/openbox/scripts/に保存する。
• 保存したスクリプトを開き、"User set variables"以下の設定部分で、購読フィードの名称とurlを記入、ブラウザとプレーヤを書き換える。
• obmenuでaddボタンを押し、pipemenuを選び、タイトルは新着情報とかに、commandには/usr/share/lxde/openbox/scripts/feeder.pyとか記入して、保存。

　デスクトップで右クリックして、Openboxを立ち上げ、設定を再読込すると、OK。RSSフィードの数が多いと読み込み時間も長くなるので、２、３フィードが限界かな。

ObmenuでOpenBoxのカスタマイズ

　最近は、Ubuntu 9.04のリリースに背を向けるように、LXDE/OpenBox環境をいじっている。何といっても、起動が速いし、アプリケーションもサクサク動く。特に、obmenuというOpenBoxのメニューを変更するGUIを知ってからは、Dock型ローンチャは止めてしまった。

sudo obmenu /usr/share/lxde/openbox/menu.xml

で簡単にメニューがGUIでカスタマイズできるようになる。私の環境では、直接日本語が通らないので、一度、ブラウザの検索窓に入力して、コピペするという面倒はあるが…

　OpenBoxについては、下記のサイトが参考になる。

1. Official Website
2. Openbox - Wikipedia
3. Debian Wiki Openbox Page
4. Ubuntu Wiki Openbox Page
5. Urukrama's Openbox Guide

まいにちスペイン語

　LODVGとか、ODBとかのスペインのバンドの楽曲を楽しむためと、4月に入って、スペイン語の勉強をNHKラジオ講座の「まいにちスペイン語」で再開していた。従来の文法項目の流れに沿わず、日常会話で使う短いフレーズを積み重ねていくという本講座のスタイルは、聞き漏らしがあってもコースの途中参加もしやすいし、画期的なことである。しかも、テキスト巻末の新しく開始された連載の読み物、「ラテンミュージックカフェ」とか、「愉悦の小説案内」とかが個人的な趣向に合っているのがうれしい。　

　しかし、これらとは別に、意外なことで毎日スペイン語に接するようになった。最大のスペイン語国家、ヌエバ・エスパーニャ、メキシコに端を発する豚フル情報収集のため、Google Newsのメキシコ版健康欄に目を通すようになったからだ。「航空ネットワークにおける感染症拡散リスクの評価〜SARSを分析事例として〜」を読むと、ニューヨークは、フランクフルト、バンコクに次いで航空機を介した東京への流入リスクが高い都市であり、国の水際作戦の強化は妥当な対応であろう。また、H1N1 Swine FluのGoogle Mapをマイマップに登録するとか、一目でその広がりがわかるサービスを利用して、それに応じた各家庭での準備を考え始めたほうがいいかもしれない。

　これを機に、多少のスペイン語のキーワードを紹介しておく。

Secretaría de Salud(Ssa)：（メキシコの）厚生省
　"salud"は「健康」という意味で、乾杯の時の掛け声にも使われる。そのときは、"Salud, amor, dinero y el tiempo para gozarlos."（健康と愛と金とそれらを享受する時間のために）という文句の省略形である。

gripe porcina：ブタ・インフルエンザ
　普通に豚というときは、cerdoとかの語が使われるが、porcinaは、主に学術用語として使われる形容詞の女性形である。基本的に名詞を修飾する形容詞は後ろにつくのは、同じラテン系の言葉フランス語などと同じです。実は、この性質索引などを引くとき概念の中心が句の先頭に来るので非常に便利なのです。発音を間違えて、por China言ってしまうと、「中国による」生物兵器という意味になるので、政治的な注意が必要でしょう。ちなみに、ハモン・イベリコで有名なイベリコ豚はその黒い足から"pata negra"（黒い足）と呼ばれます。

cubrebocas desechable：使い捨てマスク
　cubrebocasは、口(boca)をカバー(cubrir)するものという意味で、このような動詞＋名詞複数形という合成語は、スペイン語に非常に多く、英語版Wiktionaryには多くの例が挙げられています。同じマスクの意味の"tapabocas"もこの造語法によるものです。máscara（仮面）に縮小辞を加えたmascarillaもマスクという意味になります。

Distrito Federal（DF)：連邦区、メキシコシティのこと
　メキシコは、1つの連邦区（DF）と、31の州（Estado)で構成される合衆国（Estados Unidos Mexicanos）である。だから、合衆国と略して隣国のUSAを指すことは、はなはだ失礼な話ではある。首都メキシコシティの全域は、どの州にも属さず、連邦区庁長官（メキシコ市長）は、大統領によって指名・任命される。サパティスタ民族解放軍（Ejército Zapatista de Liberación Nacional、EZLN）が活動するチアパス州は、最南端で、グアテマラに接している。

caso, infectado：ケース（症例）、感染者

síntomas, cuadros：徴候、症状
　cuadroは辞書的には、「絵、絵画」という意味だが、医学的には病気が描き出す絵という意味から転じてだろう、症状という意味も持ちうる。スペイン語の文章の特徴として、なるべく同じ語を使わず言い換えるということがあるので、私のような語彙力の乏しい学習者泣かせである。

muerto, fallecemiento：死亡、逝去
　decesoもはじめて目にした単語だが、「死亡」という意味である。

本：「麻疹が流行する国で新型インフルエンザは防げるのか」

　学会で上京するが、また新型インフルエンザ関連の講演がある。以前に何回か類似の講演は聴いたが、正直、私のような町医者に役に立つ内容ではない。いざパンデミーが起こっても、出来ることは、電話対応と抗ウイルス薬の処方ぐらいであろう。むしろ、エピデミックで押し寄せる患者さんを診ていると、いざそのとき、きちんと発熱患者さんは受診せずに家に居てくれるのか？抗ウイルス薬は滞りなく供給されるのか？医療全体では、通常の医療体制も綻びを見せているので、完全に医療システムは破綻することは、想像に難くないが、ベッドは確保できるのか？それらの不安に対し、「新型ウイルスとは？」に始まり、具体的な行動計画の到達に触れずに終わる講演では、むしろ、欲求不満が蓄積されるのである。

　そんなときに読んだ一冊である。内容に関しては、紀伊國屋書店のBookWebに詳しい。帯のコピーや前書き、章立てが書いてある。しかし、帯のコピーの「アメリカ116人vs日本27万8000人(2001年度の麻疹罹患患者数）」の部分が、故意かどうか、省かれているのが気にかかる。

　閑話休題。読後の感想。タイトルが大人しく感じた。「麻疹が流行する国で新型インフルエンザは防げるのか」という問いかけは、感染症に 止まらない日本という哲学なき泥縄式システムへの根源的な批判ということを含意したかったものと推察する。同じ反語形式で、例えば、「派遣切りが横行する国で子供は増 えるのか」とかいう連想が可能だからである。しかし、「感染症途上国、日本」とか「感染無防備列島」とか、センセーショナルなもの でもよかったと思う。特に前半と結びの当たりは、医療者以外にも分かるよう感染症診療の問題点がすっきり整理されており、広く読まれるに値する一冊だからだ。

　私の新型インフルエンザに対する不安は払拭されないが、システムに対する漠とした不信が、本書では明示されており、いくぶん欲求不満は解消した。

こだわり：道具、みてくれ、言葉遊び

Reinhard Mey - Über den Wolken

　思い出深いドイツ・シュラーガー３曲のトリは、「雲の向こうに」。歌詞は、雲の向こうには自由が限りなく広がっているんだろう、と続きます。何か、クラウド・コンピューティングの向こうに広がるオープンソースの世界を暗示している歌ですね。

　YouTubeなどで検索すると、チュニジア系ドイツ人のラッパーBushidoの曲が上位に来ます。これも時代の流れですね。

Peter Maffay - ein Bild kann nicht lachen so wie du

　タイトルは、「写真は君のように笑えない」

Christian Anders - Es fährt ein Zug nach Nirgendwo 1972

　タイトルは、「当てもなく汽車が走る」くらいの意味でしょうか…懐かしくて泣きたくなりました。

ポリネシアン・トライアングルの対蹠地

　何気に"Antipodes"（対蹠地）って言葉をwikipediaで調べたら、対蹠地を透かせた地図があったので壁紙にしてみました。

　ニュージーランド、ハワイ州、イースター島で出来るポリネシア文化圏の三角形をポリネシアン・トライアングルと言うらしいです。それぞれの地名を先住民の言葉で言うと、マオリ語で"Aotearoa"、ハワイ語で"Mokuʻāina o Hawaiʻi"、ラパ・ヌイ語で"Rapa Nui"で、先頭の文字をつなぎ合わせると、ニュージーランドの対蹠地スペインの言葉で言う「愛」（amor)になります。

　さらに地上の楽園、タヒチはちょうどこの三角形の重心くらいに位置し、先の3地域を含めた対蹠地は、スペイン、ボツワナ、パキスタン（モヘンジョダロ遺跡のあたり）、スーダンになります。楽園の対蹠地が「失敗国家」というのも皮肉がきき過ぎています。

LXDE: デフォルトの壁紙をポップな世界地図にする。

cd /usr/share/lxde/wallpapers
sudo wget http://kelsocartography.com/blog/wp-content/uploads/2008/12/vladstudio_typographic_world_map_1600x1200.jpg

情報化されたUbiquitous病院

最近、虚血性腸炎の疑われる方が続いて、文献を探していたら、下のものが目に留まった。

Park CJ et al. Can we predict the development of ischemic colitis among patients with lower abdominal pain? Dis Colon Rectum. 2007 Feb;50(2):232-8.

内容は、67ケースと80コントロールからロジスティック回帰で6つのリスクファクターを同定したというもの。

1. 60歳以上の年齢(修正オッズ比5.7; 95%信頼区間: 2.6-11.7)
   
2. 血液透析 (修正オッズ比5; 95%信頼区間1.2-21.6)
   
3. 高血圧 (修正オッズ比4.9; 95%信頼区間2.3-10.5)
   
4. 低アルブミン血症 (修正オッズ比3.5; 95%信頼区間1.8-6.7)
   
5. 糖尿病 (修正オッズ比3.4; 95%信頼区間1.3-8.8)
   
6. 便秘症惹起薬剤内服 (修正オッズ比2.8; 95%信頼区間1.1-7.1)
   

　そして危険因子の個数が0個、1個、2個、3個、4個以上で、それぞれ虚血性腸炎の可能性が、8％、21％、55％、79％、100％になるとのこと。症例数と最終モデルの因子数を考えると、危険因子がゼロでも診断の早期閉鎖をしてはいけないことの戒めくらいにとっておいた方がよさそう。

　今回、興味をそそられたのが、報告施設。 翰林大学医療センターを成す江東聖心病院という高度IT化病院らしいが、決してハードウェアに伴って研究の質が上がるというわけではなさそうという至極当たり前な事実。よく手放しで、医療機関のIT化を推進したがる方を見受けるが、IT化はあくまでも手段で、何を目的とするかということが置き去りにされているように思う。現場のスタッフでもIT化に対する意見が分かれるのは、それぞれの働き方も違えば、期待も違うからなのであり、少なくともリサーチに関しては、IT化の先達は成果を挙げていない。

ついに完成！

ってのは、エイプリルフールの嘘で…


　9月までには、こんなMyUbuntuをつくりたいなと。一応、名前は、JuSTuMuntu 8.10、コードネームは、"Rational Raccoon"と名付けました。

(127.274489 * 39.97) / 70 = 72.6737332

　フランスのアマゾンから、先日注文した７０枚組のマリア・カラスのCDセットを送りましたよとのメール。送料込みで1枚73円！

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Qté Article Prix Envoyés Sous-total
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1 Maria Callas : L'Intégrale de EUR 25,07 1 EUR 25,07

--------------------------------------------------------------------------
Sous-total des articles HT: EUR 25,07
Frais d'envoi: EUR 14,90

Total TTC : EUR 39,97
Regle parVisa: EUR 39,97

Cet e-mail vous informant de l'envoi de votre commande termine ainsi le
traitement de votre commande.

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ちなみに、
フランスでは、3,201.47円
http://www.amazon.fr/Maria-Callas-LInt%C3%A9grale-enregistrements-1949-1969/dp/B000TIO4Z0/

日本では、19,062円
http://www.amazon.co.jp/Callas-Complete-Studio-Recordings-1949-1969/dp/B000TIO4Z0/

アメリカでは、9,708.09円
http://www.amazon.com/Maria-Callas-Complete-Studio-Recordings/dp/B000TIO4Z0/

ドイツでは、10,537.64円
http://www.amazon.de/Complete-Studio-Recordings-1949-1969/dp/B000TIO4Z0/

イギリスでは、9,087.06円
http://www.amazon.co.uk/Maria-Callas-Complete-Recordings-1949-69/dp/B000TIO4Z0/

中国とカナダでは、取り扱ってない。英米独の値段が妥当なのだろうけど、日仏の5.95413982倍という価格差は何なんだ？

LXDEでwbarを自動起動する設定

　ちょっと本気にオリジナルのLiveCDを作ってみようと思っている。Window Managerは、軽いLXDEがいいが、ドック型のローンチャも譲りたくない。そこで見つけたのが、wbarというものだが、新規アプリケーションの登録には、wbarconfというGUIの設定ツールは必須。wbarconfにも自動起動のオプションがないので、次のような手続きが必要。

　まず、下記のスクリプトを書いて、wbar.shとでもして、/usr/share/wbar/に入れる。

#!/bin/bash
sleep 15
wbar -above-desk -p bottom -isize 80 -nanim 5 -bpress

wbarのオプションなどは、wbar -helpで確認してみてください。
　次に、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartをエディタで開いて、下の一行を追加。

@/usr/share/wbar/wbar.sh

しかし、一難去ってまた一難、なぜかRがwbarから起動しない…Rのお神籤でも運勢は悪くないのに。

コクラン・コラボレーションのロゴ

　コクランってのは、EBMの国連みたいなものだけど、詳しくは、ウィキペディアに任せる。主題は、そのロゴについて。これもホームページに説明が詳しいので、蛇足としてR関連の豆知識をメモしておく。

　統計環境Rのパッケージに"rmeta"というメタアナリシスのためのパッケージがあって、そのなかにロゴのもとになったデータが入っている。
Rを起動して、

install.packages("rmeta")
library(rmeta)

これでrmetaパッケージをダウンロードし、読み込みが終了。

?cochrane

でヘルプを表示すると、下方に下記のサンプルスクリプトが挙げられている。

data(cochrane)
steroid <- meta.MH(n.trt, n.ctrl, ev.trt, ev.ctrl, names=name, data=cochrane)
plot(steroid, col=meta.colors("RoyalBlue"))

これで作成されるグラフが、冒頭の画像の左半分となるのでした。

RのGUIに関することわざ３つ

袖振り合うも多生の縁

先日"R"についての投稿をした矢先に、

Intelの元オープンソース戦略責任者，R言語のREvolutionに入社

というニュース。御本人も、REvolution社も知らなかったのだが、Rが取り持つ縁でニュースが入ってきた。

• 御本人のブログ
• REvolution Computingのプレスリリース

　早速、REvolution Computing社のサイトにアクセスし、REvolution Rをダウンロードしようとしたが、Linux版はなく、Windows版をダウンロードし、Wine環境でインストールしたが、起動に失敗してしまう...

灯台下暗し

何気に、Synapticで検索してみたら、Rのパッケージ"Rcmdr"が見つかった。Rからインストールするよりも断然早い。おまけに日本語で参考図書も出ている。


端末からsudo gedit /usr/lib/R/library/base/R/Rprofileを開いて、末行にlibrary(Rcmdr)を追加。デスクトップで右クリックし、ランチャの作成でコマンドに/usr/lib/R/bin/Rと入力して、アイコンは、ここからゲット。

捨てる神あれば拾う神あり

　結論は、ってことです。

発売が楽しみなR関連本2冊

1. 「Rによる統計解析」 青木繁伸 著 オーム社
2. Rで学ぶデータサイエンス（全8巻）の第八巻「ネットワーク分析」鈴木努 著 共立出版

Rでのネットワーク分析の本が日本語で出るなんて、今日のWBC準決勝以上の感激です。
　

またやっちゃった！

ここのせいです。

今日の略語２つ

1. ECARD: Effective Candesartan And Reduced Dichlotride
2. XRANDR: X Window System Resize and Rotate Extension

　特に後者に今日は助けられました。誰彼構わず、"Happy Birthday"と言いたい気分になれました。ミュージックの日ですもんね。職場のPCモニターの入れ替えに際して解像度の設定でヘマやって、このコマンドに救われて、鼻歌の一つも出てこようとゆうもんです。

ファッションショーに出れないロボットモデル？

「身長158センチ・超リアルな日本人女性型ロボット、ファッションショーに出演へ」というニュース。でも、Wikipediaによると、

2006年11月に、ブラジル人モデルのアナ・キャロリーナ・レストンがストレスによる拒食症が原因で、死亡した事を受けて、スペイン、イタリア政府は同年12月に、「やせ過ぎモデルは、少女達に異なった思考を植え付ける」として、BMIが18以下のファッションモデルのファッションショー出演を禁止した。アナの死をきっかけに、痩せすぎが原因で死亡したモデルの事例が次々に発覚し、「痩せ過ぎ＝不健康」という指摘が強まった。

ということなので、件の彼女の体重は、記事によるとバッテリー込みで43kg、そうするとBMIは17.2となり、イタリアやスペインではファッションショーには出れない…ラテン系の美の基準とされるボッティチェリの「ビーナスの誕生」のモデル、シモネタは、医学的にもっとも長寿とされるBMI、22.2であるという話を聞いたことがある。
　ファッションショー狙いは止めて、もっとガッチリ系でいいから介護の分野で実用に耐えるロボットを開発して欲しいですね。

BMIが気になる方は、こちらでチェック！

→「特定健康診断用計算器」

自作なもんで、ブックマークレット化もしちゃいました。

→bookmarklet:特定健康診断用計算器

今後十年で糖尿病を発症する確率もあわせて知りたい方は、こちらをチェック！

→"Welcome to the QDScore diabetes risk calculator"

Belle Perez "Hello World"

　ベルギーの歌手、Belle Perezのデビュー曲のスペイン語バージョンです。そもそも両親がスペイン人で血筋では生粋のスペイン人らしいです。EUでは、EU市民は、平均で母国語以外に話せる言葉が一ヶ国語というラインを達成し、次は二ヶ国語を目標としており、あんまり何人とかいうのは意味をなさなくなってきているのかもしれません。曲は、4:30くらいから始まります。

こんな壁紙が欲しい！

　UTCって、英語Coordinated Universal Timeでもない、フランス語の Temps Universel Coordonnéでもない、妥協の産物だったそうですね。
　ところで、Weather Wallpaperのような感じで、世界地図にubunteroが光り、ubuntuのDL数やリリースのカウントダウンを表示する、そんなソーシャルな壁紙を誰か開発してくれないかな…

ubuntu 8.10インストール後にした10+αのこと

　いい機会だから、Linux Chronicles .debさんの"10 Things to do after installing Ubuntu 8.10"の記事を真似てみた。そろそろカウントダウンが始まるJaunty Jackalopeのインストールの準備にもなるし…

1. メニューバーの「システム」→「システム管理」→「日本語環境セットアップヘルパー」でAdobe Flash Player PluginやAdobe Readerをインストール。

2. AdobeAirをインストールし、"TweetDeck"と「はがきデザインキット」をインストール。

wget http://airdownload.adobe.com/air/lin/download/1.5/AdobeAIRInstaller.bin && chmod +x AdobeAIRInstaller.bin && sudo ./AdobeAIRInstaller.bin

3. Ubuntu TweakとUltamatixをインストールする。両方ともホームページにdebパッケージがある。

4. 「システム」→「システム管理」→「Synapticパッケージマネージャ」からインストール。

• Wine: LinuxでMicrosoft Windows用アプリケーションをネイティブ動作させることを目標とするプログラム群である。
  
• pptview： パワーポイントプレゼンテーションのビューア
• conky：本来は、軽量のシステムモニターだが、拡張性の高さ故に様々な情報をデスクトップに表示できる。後に記すデスクトップGTDの伏線。
• gnugo：囲碁の思考エンジン。
• gnubg：バックギャモンゲーム、何故か起動できない…orz
• screenlets：デスクトップウィジェット
• prism：デスクトップからGoogleなどのサービスを利用できるようにするソフト。
• gPodder：Podcastアグリゲータ。下記に五大医学雑誌のポッドキャストを載せておく。

1. "Annals of Internal Medicine Podcast" http://media.acponline.org/feeds/annals.xml
2. "JAMA: This Week's Audio Commentary" http://jama.ama-assn.org/misc/jamapodcasts2006.rss
3. "Listen to The Lancet" http://podcast.thelancet.com/lancet.xml
4. "NEJM Interviews with PDF" http://podcast.nejm.org/nejm_audio_interview.xml
5. "NEJM This Week - Audio Summaries" http://podcast.nejm.org/nejm_audio_summaries.xm
6. "The BMJ podcast" http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/

• Lyx：LaTeXで組版するワープロ
• kexi：AccessやFileMakerProのようなデータベースソフト
• referencer：文献管理ソフト
• gcal:
• gawk:
  

5. Windows用ソフトをインストール

• AlphaChart： 総合株価チャートソフト
  
• Pajek： 社会ネットワーク分析ソフト
  

6. Anthy辞書にCanada式医学辞書を追加。

参考：「Canada式医学用語変換辞書をAnthyに登録する方法」

7. 統計環境Rのインストール

(1) /etc/apt/sources.list ファイルをルート権限で編集
$ sudo gedit /etc/apt/sources.list

(2) 筑波大学のミラーを使う場合、次の一行を付け加える。
deb http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/ubuntu intrepid/

(3) Ubuntu レポジトリの公開鍵を入手
$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
$ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

(4) R 本体と Ubuntu に用意されているパッケージのインストール
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install r-base
$ sudo apt-get install r-base-dev
$ sudo apt-get install r-cran-*

8. Firefox機能拡張を整備

• delicious Bookmarks: deliciousがブラウザ自体のブックマークのように使える。
  
• Autodial: 新規タブによく見るページを一覧表示してくれる。
  
• Add to search bar: 各サイトの検索を検索バーのエンジンに追加するのが簡単になる。
  
• Greasemonkey + pubmed2connotea.user.js: 医学文献検索サイトPubMedが、オンライン文献管理サービスConnoteaやCiteULikeとの連携できるようになる。
  
• TwitterFox:最近はCDCなどもTwitterしてます。
• Extension List Dumper: インストールしているアドオン一覧を作成してくれる。
  

9. 標準のゲームを削除して、GoguiをインストールしてGnugoを登録。

Goguiをダウンロードしたら、
　cd ~/gogui-1.1.4
　sudo bash ./install.sh -p /usr/local -j /usr/lib/jvm/java-6-sun
GoGuiを起動して、Program→New Program→Commandに、
　/usr/games/gnugo --mode gtp

10. Terminal Screenlet、Todo.sh、オンラインストーレジサービスDropBoxをインストールしておき、conkyの設定ファイルを下記に書き換える。

TEXT
${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}カレンダー
${font Kochi Gothic:size=14}${execi 60 gcal --type=standard --highlighting='<:>:[:]' -s Su . | grep -v "^ *$" | colrm 23 26 | colrm 45 48}

${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}備忘録
${font Kochi Gothic:size=12}${execi 60 cat /home/name/Dropbox/todo/todo.txt}

11. 「アプリケーション」→「システムツール」→「Ubuntu Tweak / Ultamatix」で種々のソフトをインストール。

• GnomeDo: MacOS Xで言えば、Dock＋Quicksilverという最強のローンチャ
  
• Google Picasa:
• Google Earth:

Ultamatixを使用していると依存関係が壊れることがあるので、修復したり、不要のものを消したりするコマンドを知っておくとよい。

sudo apt-get -f install
sudo apt-get autoremove

　こんなところを自動化するスクリプトを書いておけば、便利なのだが、そのスキルはない…orz　それにしても書き出してみて、気のついたことを列挙しておくと。

• GoogleやAdobeへの依存度が高い。
• PrismやDropBoxの利用でクラウド化が進んでいる。

Celia Cruz "Hay que empezar otra vez"

　正確に言えば、99bpmなのだが、ラテン流に細かいことは気にしない。キューバ革命後亡命し異国で生涯を閉じたサルサの女王。「アモーレス・ペロス」でも使われていた"La vida es un carnaval"とか有名だが、タイトルの曲のリフレインは、ubuntuを再インストールをする羽目になった状況にぴったり。

Hay que empezar otra vez　もう一度始めなさい。
Hay que empezar otra vez　もう一度始めなさい。
Lo pasado ya es pasado　過ぎたことは、過ぎたこと。
Ya lo pasao, pisao　過ぎ去ったことは、踏んづけちまいな。

やっちゃった…

　KnoppixのウィンドウマネージャがLXDEになったって聞いて、ubuntuでも導入してみたら、何か間違えて、gnomeのネットワークマネージャを削除してしまいました。スキルの乏しい僕には、解決策は、再インストールしか思いつきませんでした。でも、重要なデータさえDropboxなどにバックアップしておけば、そんな苦になる作業ではないのが、ubuntuの嬉しいところ…

La reina del baile - ABBA

　心臓マッサージのリズムは、100bpmってことで、同じリズムの音楽を紹介していきたいと思います。メリル・ストリープ主演の映画「マンマ・ミーア」でも使用されているABBAの"Dancing Queen"のスペイン語バージョンです。


　今更ながら、グループ名は、メンバーの２組の夫婦、アグネッタ・フォルツコグ、ビョルン・ウルヴァース、ベニー・アンダーソン、アンニ＝フリッド・リングスタッドの頭文字だったんですね。

"umuntu ngumuntu ngabantu" 「私は、あなたがいるお陰で、人間なのです」

　南アフリカの公用語の１つ、ズールー語で古くから言い伝えられてきた言葉です。自由で無料のOSである"ubuntu"の名称はそんな素敵な言葉に由来しています。ハッカーが死に絶えない限り増え続けるアプリケーション÷￥０＝∞の希望が、このOSには詰まっているのです。

todo.sh+dropbox+conky+screenlets

• Todo.txt
• Conky
• Dropbox
• SCREENLETS.org

GoGuiに囲碁思考エンジンを追加

　環境に依って多少の違いはあるのでしょうが、GoGuiを起動して、Program→New Program→Commandに、

GnuGoの場合、

/usr/games/gnugo --mode gtp

Fuegoの場合、

/home/name/fuego-0.3.1/fuegomain/fuego

と入れてやればいいみたい。

　Fuegoでは、色々と設定できるみたいなので、perfectcloudsさんの「囲碁思考エンジンFuegoについて調べてみた」を参考に明日以降の課題としよう。

新しい囲碁環境

　まずは、碁盤表示ソフトの"GoGui"をインストール。ダウンロードしたら、ホームにでも展開し、端末で展開したディレクトリに移動して、下記の呪文。蛇足だが、このようなネット上に記載されたコマンドを端末に打ち込むとき、Firefoxを使っていれば、"TerminalRun"というアドオンが非常に便利。

cd ~/gogui-1.1.4
sudo bash ./install.sh -p /usr/local -j /usr/lib/jvm/java-6-sun

　次に、思考エンジンして2008年International Computer Go Championship準優勝の"MoGo"をダウンロード、ホームに展開する。

　最後にアプリケーション→ゲームからGoGuiを起動し、Program→New Progamを選択し、commandの欄に下記をコピペする。

/home/name/MoGo_release3/mogo --19 --totalTime 1800

　頑張ってインストールしてからなんですが、19路盤にこだわらなければ、「オンライン囲碁ゲームCOSUMI」が、登録も不要で、手軽です。エンジンは、GnuGoだそうです。

デスクトップの三段活用

一段目、ターミナルの貼り付け：デスクトップウィジェット"Screenlets"の"Terminal Screenlet"を使用。

二段目、Conkyを使って情報の表示："Todo.sh"をインストールして、todo.txtをオンラインストーレジの"Dropbox"に置いたのがミソ。

TEXT
${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}カレンダー
${font Kochi Gothic:size=14}${execi 60 gcal --type=standard --highlighting='<:>:[:]' -s Su . | grep -v "^ *$" | colrm 23 26 | colrm 45 48}

${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}備忘録
${font Kochi Gothic:size=12}${execi 60 cat /home/name/Dropbox/todo/todo.txt}

${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}厚生労働省新着情報
${font Kochi Gothic:size=12}${rss http://myrss.jp/rdf/r41c190ab699087790.rdf?v10 60 item_titles 10}

三段目、覚えたいことの壁紙を作成：原始的だけど、掛け算の九九を覚えたとき、壁に表を貼ったりしましたよね…

Jaunty Jackalopeにデフォルトで欲しい"Gnome Do"

　Gnome Doは、0.8にバージョンアップし、Dockyという外観を得て、Macで言うところのQuicksilver + Dockという無敵のローンチャに成長しました。ぜひぜひubuntuの次期バージョンでは、デフォルトで入っていて欲しいアプリの一つです。

Canada式医学用語変換辞書をAnthyに登録する方法

日医のORCAプロジェクトのレポジトリを登録

/home/name% echo "deb ftp://ftp.orca.med.or.jp/pub/packages/debian unstable/orca main" | sudo tee /etc/apt/sources.list

Canada式医学用語辞書をインストール

/home/name% sudo apt-get update && sudo apt-get install canna-canadamed

辞書（バイナリ）をホームにコピー

/home/name% sudo cp /var/lib/canna/dic/canna/canadamed.cbd /home

辞書（バイナリ）をテキストに変換

/home/name% dpbindic canadamed.cbd canadamed.mwd > canadamed.t

テキスト形式の辞書をAnthyの辞書ディレクトリにコピー

/home/name% cp canadamed.t /usr/share/anthy/dic/canadamed.t

Anthyの辞書リストに追加

/home/name% echo "canadamed.t" | sudo tee /etc/anthy/diclist

Anthyの辞書を更新

/home/name% update-anthy-dics

システムの再起動

/home/name% sudo shutdown -r now

これで「はしゅせいけっかんないぎょうこしょうこうぐん」も一発変換。

impress!veなプレゼンテーション

　"impress!ve"とは、OO.oで作ったスライドをpdfにエクスポートして、MacのKeynoteのようなプレゼンができるソフト。Pythonで書かれており、ターミナルから起動する必要があるが、ネットにつながる環境にあれば、pdfファイルをDropboxとかに置いておいて、"impressive /home/name/Dropbox/sample.pdf"という芸当が可能。左クリックで次のスライド、右クリックで前のスライド、Enterキーでスポットライトが現れ、Tabキーでスライドの一覧が出来る。

Firefoxのキーボードショートカットのまとめ

コントロールキー＋アルファベットキーで構成されるものをアルファベット順に並べてみました。

1. [Ctrl] + [ A ] = Select All
2. [Ctrl] + [ B ] = Bookmarks Sidebar
3. [Ctrl] + [ C ] = Copy
4. [Ctrl] + [ D ] = Bookmark in Delicious Delicous Bookmarks使用
   
5. [Ctrl] + [ F ] = Find in This Page
6. [Ctrl] + [ G ] = Find AGain
7. [Ctrl] + [Shift] + [ G ] = Find Previous
8. [Ctrl] + [ H ] = Browsing History
9. [Ctrl] + [ I ] = Page Info
10. [Ctrl] + [Shift] + [ I ] = DOM Inspector
11. [Ctrl] + [ J ] = Select Search Bar
12. [Ctrl] + [ K ] = Select Kensaku Bar
    
13. [Ctrl] + [ L ] = Select Location Bar
14. [Ctrl] + [ N ] = Open New Window
15. [Ctrl] + [ O ] = Open File
16. [Ctrl] + [ P ] = Print
17. [Ctrl] + [ Q ] = Quit
18. [Ctrl] + [ R ] = Reload Page
19. [Ctrl] + [Shift] + [ R ] = Force Reload Page
20. [Ctrl] + [ S ] = Save Page As
21. [Ctrl] + [ T ] = Open New Tab
22. [Ctrl] + [Shift] + [ T ] = Undo Close Tab
23. [Ctrl] + [ U ] = Page SoUrce
24. [Ctrl] + [ V ] = Paste
25. [Ctrl] + [ W ] = Close Tab
26. [Ctrl] +[Shift] + [ W ] = Close Window
27. [Ctrl] + [ X ] = Cut
28. [Ctrl] + [ Y ] = Download History, Redo
29. [Ctrl] + [ Z ] = Undo
30. [Ctrl] +[Shift] + [ Z ] = Redo

Gmail TasksをFirefoxのサイドバーに表示する方法

　またまたHAAYAさんとこのパクリなのですが、"http://mail.google.com/tasks/ig"をブックマークツールバーに登録し、プロパティのサイドバーに読み込むをチェックするという簡単な方法で、まさにコロンブスの卵的なライフハックで、RTMのようなサービスを使う機会が減ってしまいそうです。
　オリジナルには、スクリーンショットを使って懇切丁寧に解説してくれています。

Dapper

　「Dapper」ってのが、deliciousのフィードに引っかかってきて、Ubuntu 6.06 LTSのDapper Drakeことかと思ってたら、「Yahoo! Pipes」同様、フィードのないページからRSSなどを作成するサービスがあるようです。HAAYAの下記の投稿が参考になりそうです。

• 『Dapper』を使ってRSS化されていないページの特定データを抽出する。
• 『Dapperfox』を使ってFirefoxからスクレイピングをする。

プライマリケアの現場からみるソーシャルキャピタル

　最近、医学分野でも、社会的ネットワーク分析を使った論文を時折目にするようになりました。最近のもので代表的なものは、下記のものでしょう。

• Christakis NA, Fowler JH. The spread of obesity in a large social network over 32 years. N Engl J Med. 2007 Jul 26;357(4):370-9.
• Fowler JH, Christakis NA. Dynamic spread of happiness in a large social network: longitudinal analysis over 20 years in the Framingham Heart Study. BMJ. 2008 Dec 4;337
• Christakis NA, Fowler JH.　The collective dynamics of smoking in a large social network.　N Engl J Med. 2008 May 22;358(21):2284-6.

　いずれの論文にも顔を出しているChristakis NAという人は、GoPubMedで調べてみると、ハーヴァードメディカルスクール医療政策学科に在籍しており、日本人で社会疫学の第一人者、Kawachi Ichiro氏との関係も興味があるところです。

社会ネットワークに関しておすすめの本。

1. 「複雑ネットワーク」とは何か―複雑な関係を読み解く新しいアプローチ (ブルーバックス)か私たちはどうつながっているのか―ネットワークの科学を応用する (中公新書)
   
2. 新ネットワーク思考―世界のしくみを読み解く
   
3. リーディングス ネットワーク論―家族・コミュニティ・社会関係資本
4. ネットワーク分析―何が行為を決定するか (ワードマップ)
5. 実践ネットワーク分析―関係を解く理論と技法
6. ソーシャル・キャピタルと健康
   

　あと、ジョン・ロールズとか、ピエール・ブルデューとか…

　ソフトに関しては、英語版Wikipediaの"Social network analysis software"の項にまとめられておりますが、Rのパッケージを抜き出しておくと、

• igraph: 単純なグラフやネットワーク解析の一連のツール。大きなグラフの取扱いが得意で、無作為で規則的なグラフの生成、グラフの視覚化、中心性指標などなど。
• sna: 一連の社会ネットワーク解析のためのツールで、ノードとグラフレベルの表示。, 構造距離と共変法、構造等値の探索、p* モデリング、無作為グラフ生成、二次元/三次元のネットワーク視覚化を含む。
• statnet: ネットワークデータの表示、視覚化、解析、シミュレーションのための統合ツールで、network、ergm、latentnet、degreenet、networksisなどのメタパッケージから成っています。

　この分野で有名なPajekもLinuxでもWine上で使用できるようです。Journal of Statistical Softwareなんてジャーナルがあるんですね。