Tomboyの後継？ Gnote

monoのプラットフォームを捨てて、C++でコードを書き直したもののようです。端末から、下記のコマンドを打ってインストールできます。Dropboxとの合わせ技が便利。

echo "deb http://ppa.launchpad.net/gnote/ppa/ubuntu jaunty main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/gnote.list
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 5AAB5553
sudo apt-get update
sudo apt-get install gnote

Carpe diem: "tint"の時間表示

　直接エディターで/home/name/.config/tint/tintrcを編集してやればいいのですが、そのときQuoVadisとかの欧米の手帳風に第何週とか今年の何日目とかの表示もできます。そのパラメータ一覧は下記の通り。

日

• %j 　3 桁で先頭にゼロを含む年間での日付

週

• %U 　指定した年の週番号。最初の日曜日を第一週の開始日とする
• %V　 ISO-8601:1988 で規定された、指定した年の週番号。 週の開始日は月曜日で、第 1 週は少なくとも 4 日はあることになる 01 から 53
• %W 　その年の週番号の数値表現。最初の月曜日を最初の週の初日とする

新型インフルエンザとQuantum GIS

　まだ新型インフルエンザの症例が確認されていない札幌でも、マスクが店頭から消えてしまい、NEJMでも新型インフルエンザには力をいれているようで、新型インフルエンザマップが開設されました。私も便乗して、LXubuntuに、Quantum GISというオープンソースのGISソフトをインストールしてみました。下記のレポジトリを追加すればインストールできます。

deb http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main

Open PGP鍵は、こちらです。

　画像では、空間統計学用のパッケージmaptoolsをインストールしたRも起動させてみました。

LXDE: パネルをtintに

　ここを参照して、tintとtrayerをインストールして、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを下のようにしてみました。

@lxde-settings
@xscreensaver -no-splash
@tint
@trayer --expand true --transparent true --alpha 255 --edge bottom --align right --expand true --SetDockType true --widthtype request --margin 130)
@pcmanfm -d

テキストからマインドマップ

　オンラインで出きることはオンラインでと思い、探してみたらありました。テキストからマインドマップを作るサービス！名前もそのまんま、"Text2MindMap"、酔っ払った頭の体操にまたPrismアプリを作っちゃいました。Twitter風投稿ですね…

OpenDoc再来？ LXDEでPrism

　ジョッブズが復帰する前のAppleが描いた絵は、こんな世界だったのだろうか？ネットのインフラが揃う前にOpenDocとかCyberDogとかというものをデザインしたAppleは、まるでギリシア人の直接の遺伝子を発現させたかのよう…

• オフィス Google Docs http://docs.google.com/
• 文献管理 CiteULike http://www.citeulike.org/
• 画像エディタ Pixlr http://www.pixlr.com/
• 囲碁 Cosumi http://www.cosumi.net/

わざわざアプリ化しなくてもブックマークでいいんでないかい？、って気もするが。

「ライブCDの部屋」復活おめでとうございます…

　「ライブCDの部屋」が復活し、早速、私が今ハマっているLxubuntuの9.04を公開してくださってます！GWはずっと仕事なので、明けてからになりますが、これをベースにMyDistroを作ってみることにします。当面の課題は、

• Firefox＋Greasemonkey＋WriteRoom for Google Docs
• Prism＋Gdocs＋Appnr
• OpenboxとConkyのカスタマイズ

あたりかな。Rによるネットワーク分析も等閑になってるけど。

　忌野清志郎さんを殺した煙草にも、よい効果があるという論文も…

"Nicotine-induced brain metabolism associated with anger provocation"

時代がヒステリックになっている要因に煙草が駆逐されつつある世相もあるのかもね。

LXDEのパネルをlxpanelからfbpanelに変更

　openboxのメニューからいろいろ出来るようになるとパネルが鬱陶しい。そこでパネルをlxpanelからautohideの機能があるfbpanelに変更してみた。

• まず、/usr/share/fbpanel/に、ここをコピペしてdefaultファイルを設置する。
• 次に、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを編集して、"@lxpanel --profile LXDE"を"@fbpanel --profile default"とする。

これで再起動して、fbpanelのconfigureからGeneral > PropertiesのAutohideをチェックして、目的達成！

OpenboxでRSSリーダ

　Openboxには、pipemenuという仕組みがあり、プラグインのように機能を拡張することが出来る。なかでもfeeder.pyというのはRSSフィードを読むことが出来て便利。手順は次の通り。

• まず、python-feedparserをインストールしておく。シナプティックで可能。
• その後、スクリプトを/usr/share/lxde/openbox/scripts/に保存する。
• 保存したスクリプトを開き、"User set variables"以下の設定部分で、購読フィードの名称とurlを記入、ブラウザとプレーヤを書き換える。
• obmenuでaddボタンを押し、pipemenuを選び、タイトルは新着情報とかに、commandには/usr/share/lxde/openbox/scripts/feeder.pyとか記入して、保存。

　デスクトップで右クリックして、Openboxを立ち上げ、設定を再読込すると、OK。RSSフィードの数が多いと読み込み時間も長くなるので、２、３フィードが限界かな。

ObmenuでOpenBoxのカスタマイズ

　最近は、Ubuntu 9.04のリリースに背を向けるように、LXDE/OpenBox環境をいじっている。何といっても、起動が速いし、アプリケーションもサクサク動く。特に、obmenuというOpenBoxのメニューを変更するGUIを知ってからは、Dock型ローンチャは止めてしまった。

sudo obmenu /usr/share/lxde/openbox/menu.xml

で簡単にメニューがGUIでカスタマイズできるようになる。私の環境では、直接日本語が通らないので、一度、ブラウザの検索窓に入力して、コピペするという面倒はあるが…

　OpenBoxについては、下記のサイトが参考になる。

1. Official Website
2. Openbox - Wikipedia
3. Debian Wiki Openbox Page
4. Ubuntu Wiki Openbox Page
5. Urukrama's Openbox Guide

こだわり：道具、みてくれ、言葉遊び

LXDE: デフォルトの壁紙をポップな世界地図にする。

cd /usr/share/lxde/wallpapers
sudo wget http://kelsocartography.com/blog/wp-content/uploads/2008/12/vladstudio_typographic_world_map_1600x1200.jpg

LXDEでwbarを自動起動する設定

　ちょっと本気にオリジナルのLiveCDを作ってみようと思っている。Window Managerは、軽いLXDEがいいが、ドック型のローンチャも譲りたくない。そこで見つけたのが、wbarというものだが、新規アプリケーションの登録には、wbarconfというGUIの設定ツールは必須。wbarconfにも自動起動のオプションがないので、次のような手続きが必要。

　まず、下記のスクリプトを書いて、wbar.shとでもして、/usr/share/wbar/に入れる。

#!/bin/bash
sleep 15
wbar -above-desk -p bottom -isize 80 -nanim 5 -bpress

wbarのオプションなどは、wbar -helpで確認してみてください。
　次に、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartをエディタで開いて、下の一行を追加。

@/usr/share/wbar/wbar.sh

しかし、一難去ってまた一難、なぜかRがwbarから起動しない…Rのお神籤でも運勢は悪くないのに。

ファッションショーに出れないロボットモデル？

「身長158センチ・超リアルな日本人女性型ロボット、ファッションショーに出演へ」というニュース。でも、Wikipediaによると、

2006年11月に、ブラジル人モデルのアナ・キャロリーナ・レストンがストレスによる拒食症が原因で、死亡した事を受けて、スペイン、イタリア政府は同年12月に、「やせ過ぎモデルは、少女達に異なった思考を植え付ける」として、BMIが18以下のファッションモデルのファッションショー出演を禁止した。アナの死をきっかけに、痩せすぎが原因で死亡したモデルの事例が次々に発覚し、「痩せ過ぎ＝不健康」という指摘が強まった。

ということなので、件の彼女の体重は、記事によるとバッテリー込みで43kg、そうするとBMIは17.2となり、イタリアやスペインではファッションショーには出れない…ラテン系の美の基準とされるボッティチェリの「ビーナスの誕生」のモデル、シモネタは、医学的にもっとも長寿とされるBMI、22.2であるという話を聞いたことがある。
　ファッションショー狙いは止めて、もっとガッチリ系でいいから介護の分野で実用に耐えるロボットを開発して欲しいですね。

BMIが気になる方は、こちらでチェック！

→「特定健康診断用計算器」

自作なもんで、ブックマークレット化もしちゃいました。

→bookmarklet:特定健康診断用計算器

今後十年で糖尿病を発症する確率もあわせて知りたい方は、こちらをチェック！

→"Welcome to the QDScore diabetes risk calculator"

ubuntu 8.10インストール後にした10+αのこと

　いい機会だから、Linux Chronicles .debさんの"10 Things to do after installing Ubuntu 8.10"の記事を真似てみた。そろそろカウントダウンが始まるJaunty Jackalopeのインストールの準備にもなるし…

1. メニューバーの「システム」→「システム管理」→「日本語環境セットアップヘルパー」でAdobe Flash Player PluginやAdobe Readerをインストール。

2. AdobeAirをインストールし、"TweetDeck"と「はがきデザインキット」をインストール。

wget http://airdownload.adobe.com/air/lin/download/1.5/AdobeAIRInstaller.bin && chmod +x AdobeAIRInstaller.bin && sudo ./AdobeAIRInstaller.bin

3. Ubuntu TweakとUltamatixをインストールする。両方ともホームページにdebパッケージがある。

4. 「システム」→「システム管理」→「Synapticパッケージマネージャ」からインストール。

• Wine: LinuxでMicrosoft Windows用アプリケーションをネイティブ動作させることを目標とするプログラム群である。
  
• pptview： パワーポイントプレゼンテーションのビューア
• conky：本来は、軽量のシステムモニターだが、拡張性の高さ故に様々な情報をデスクトップに表示できる。後に記すデスクトップGTDの伏線。
• gnugo：囲碁の思考エンジン。
• gnubg：バックギャモンゲーム、何故か起動できない…orz
• screenlets：デスクトップウィジェット
• prism：デスクトップからGoogleなどのサービスを利用できるようにするソフト。
• gPodder：Podcastアグリゲータ。下記に五大医学雑誌のポッドキャストを載せておく。

1. "Annals of Internal Medicine Podcast" http://media.acponline.org/feeds/annals.xml
2. "JAMA: This Week's Audio Commentary" http://jama.ama-assn.org/misc/jamapodcasts2006.rss
3. "Listen to The Lancet" http://podcast.thelancet.com/lancet.xml
4. "NEJM Interviews with PDF" http://podcast.nejm.org/nejm_audio_interview.xml
5. "NEJM This Week - Audio Summaries" http://podcast.nejm.org/nejm_audio_summaries.xm
6. "The BMJ podcast" http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/

• Lyx：LaTeXで組版するワープロ
• kexi：AccessやFileMakerProのようなデータベースソフト
• referencer：文献管理ソフト
• gcal:
• gawk:
  

5. Windows用ソフトをインストール

• AlphaChart： 総合株価チャートソフト
  
• Pajek： 社会ネットワーク分析ソフト
  

6. Anthy辞書にCanada式医学辞書を追加。

参考：「Canada式医学用語変換辞書をAnthyに登録する方法」

7. 統計環境Rのインストール

(1) /etc/apt/sources.list ファイルをルート権限で編集
$ sudo gedit /etc/apt/sources.list

(2) 筑波大学のミラーを使う場合、次の一行を付け加える。
deb http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/ubuntu intrepid/

(3) Ubuntu レポジトリの公開鍵を入手
$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
$ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

(4) R 本体と Ubuntu に用意されているパッケージのインストール
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install r-base
$ sudo apt-get install r-base-dev
$ sudo apt-get install r-cran-*

8. Firefox機能拡張を整備

• delicious Bookmarks: deliciousがブラウザ自体のブックマークのように使える。
  
• Autodial: 新規タブによく見るページを一覧表示してくれる。
  
• Add to search bar: 各サイトの検索を検索バーのエンジンに追加するのが簡単になる。
  
• Greasemonkey + pubmed2connotea.user.js: 医学文献検索サイトPubMedが、オンライン文献管理サービスConnoteaやCiteULikeとの連携できるようになる。
  
• TwitterFox:最近はCDCなどもTwitterしてます。
• Extension List Dumper: インストールしているアドオン一覧を作成してくれる。
  

9. 標準のゲームを削除して、GoguiをインストールしてGnugoを登録。

Goguiをダウンロードしたら、
　cd ~/gogui-1.1.4
　sudo bash ./install.sh -p /usr/local -j /usr/lib/jvm/java-6-sun
GoGuiを起動して、Program→New Program→Commandに、
　/usr/games/gnugo --mode gtp

10. Terminal Screenlet、Todo.sh、オンラインストーレジサービスDropBoxをインストールしておき、conkyの設定ファイルを下記に書き換える。

TEXT
${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}カレンダー
${font Kochi Gothic:size=14}${execi 60 gcal --type=standard --highlighting='<:>:[:]' -s Su . | grep -v "^ *$" | colrm 23 26 | colrm 45 48}

${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}備忘録
${font Kochi Gothic:size=12}${execi 60 cat /home/name/Dropbox/todo/todo.txt}

11. 「アプリケーション」→「システムツール」→「Ubuntu Tweak / Ultamatix」で種々のソフトをインストール。

• GnomeDo: MacOS Xで言えば、Dock＋Quicksilverという最強のローンチャ
  
• Google Picasa:
• Google Earth:

Ultamatixを使用していると依存関係が壊れることがあるので、修復したり、不要のものを消したりするコマンドを知っておくとよい。

sudo apt-get -f install
sudo apt-get autoremove

　こんなところを自動化するスクリプトを書いておけば、便利なのだが、そのスキルはない…orz　それにしても書き出してみて、気のついたことを列挙しておくと。

• GoogleやAdobeへの依存度が高い。
• PrismやDropBoxの利用でクラウド化が進んでいる。

新しい囲碁環境

　まずは、碁盤表示ソフトの"GoGui"をインストール。ダウンロードしたら、ホームにでも展開し、端末で展開したディレクトリに移動して、下記の呪文。蛇足だが、このようなネット上に記載されたコマンドを端末に打ち込むとき、Firefoxを使っていれば、"TerminalRun"というアドオンが非常に便利。

cd ~/gogui-1.1.4
sudo bash ./install.sh -p /usr/local -j /usr/lib/jvm/java-6-sun

　次に、思考エンジンして2008年International Computer Go Championship準優勝の"MoGo"をダウンロード、ホームに展開する。

　最後にアプリケーション→ゲームからGoGuiを起動し、Program→New Progamを選択し、commandの欄に下記をコピペする。

/home/name/MoGo_release3/mogo --19 --totalTime 1800

　頑張ってインストールしてからなんですが、19路盤にこだわらなければ、「オンライン囲碁ゲームCOSUMI」が、登録も不要で、手軽です。エンジンは、GnuGoだそうです。

Canada式医学用語変換辞書をAnthyに登録する方法

日医のORCAプロジェクトのレポジトリを登録

/home/name% echo "deb ftp://ftp.orca.med.or.jp/pub/packages/debian unstable/orca main" | sudo tee /etc/apt/sources.list

Canada式医学用語辞書をインストール

/home/name% sudo apt-get update && sudo apt-get install canna-canadamed

辞書（バイナリ）をホームにコピー

/home/name% sudo cp /var/lib/canna/dic/canna/canadamed.cbd /home

辞書（バイナリ）をテキストに変換

/home/name% dpbindic canadamed.cbd canadamed.mwd > canadamed.t

テキスト形式の辞書をAnthyの辞書ディレクトリにコピー

/home/name% cp canadamed.t /usr/share/anthy/dic/canadamed.t

Anthyの辞書リストに追加

/home/name% echo "canadamed.t" | sudo tee /etc/anthy/diclist

Anthyの辞書を更新

/home/name% update-anthy-dics

システムの再起動

/home/name% sudo shutdown -r now

これで「はしゅせいけっかんないぎょうこしょうこうぐん」も一発変換。

impress!veなプレゼンテーション

　"impress!ve"とは、OO.oで作ったスライドをpdfにエクスポートして、MacのKeynoteのようなプレゼンができるソフト。Pythonで書かれており、ターミナルから起動する必要があるが、ネットにつながる環境にあれば、pdfファイルをDropboxとかに置いておいて、"impressive /home/name/Dropbox/sample.pdf"という芸当が可能。左クリックで次のスライド、右クリックで前のスライド、Enterキーでスポットライトが現れ、Tabキーでスライドの一覧が出来る。

Gmail TasksをFirefoxのサイドバーに表示する方法

　またまたHAAYAさんとこのパクリなのですが、"http://mail.google.com/tasks/ig"をブックマークツールバーに登録し、プロパティのサイドバーに読み込むをチェックするという簡単な方法で、まさにコロンブスの卵的なライフハックで、RTMのようなサービスを使う機会が減ってしまいそうです。
　オリジナルには、スクリーンショットを使って懇切丁寧に解説してくれています。

臨床研究に役立ちそうな10のオープンソースソフト

1. Gnumeric [HP] [Wikipedia] 　表計算ソフト
   
2. vilno [HP]　ETL（データ抽出・変換・流し込み）ソフト
   
3. PSPP [HP] [Wikipedia]　統計解析ソフトSPSSの代替えソフト
4. R [HP] [Wikipedia] 　統計解析、グラフ作成のための言語
5. Gnuplot [HP] [Wikipedia] 　2次元もしくは3次元のグラフを作成するためのコマンドラインアプリケーションソフトウェア
6. Octave [HP] [Wikipedia] 　MATLABと互換性を持ったフリーな数値解析ソフトウェア
7. gretl [HP] [Wikipedia]　回帰、計量経済、時系列解析の為のライブラリ
8. ImageJ [HP] [Wikipedia]　画像処理ソフト
   
9. LyX [HP] [Wikipedia]　LaTeX2eエディタ
10. Pybliographer [HP] [Wikipedia]　文献管理ソフト　cf. Comparison of reference management software

vilno, ImageJ以外は、Synapticパッケージマネージャからインストールできます。