ubuntuでMac

　"Transforming your Ubuntu 8.04 Desktop to look like Mac OS X"の記事を見て、ubuntuのクリーンインストールの度にMacのデスクトップを模倣してきたが、8.04では、まだしてない自分に気付いた。TimeMachineのような"FlyBack"とか、QuickLookのような"Globus"とかのプロジェクトを挙げるまでもなく、Appleのデザインには、多くの人を惹きつける何か、万有引力みたいなものがあるのでしょうね。

　一方、Vistaを模倣したってのは、あんまり聞かないね。ネーミングが悪かったね、焦ったら"Vista"になったのでしょうか？スペイン語で"¡Hasta la vista!"と言えば、「さようなら」の意味、Docomo2.0が「ドコモに移転ゼロ」みたいな話。

　話を戻して、発作的にubuntuをMacに見せかけることをしなくなった訳を挙げてみる。

• ubuntuの未完の美に魅了された。
• 面倒くさくなった。
• 新しいニュースが多くて手が回らなくなった。

どれも真実で、悪い習慣を止めるヒントにならないかしら？

ubuntu医者向けバージョン

こんなことがCD-ROM起動で出来たらなぁというたたき台。ついでに、USBメモリーにインストールできたり、自作PCにインストールしたり。年内に8.10版をベースに作ってみる予定。

Amarok2　＊このソフトに拘る必要はないのかも
　Podcasts
　　NEJM　http://content.nejm.org/misc/podcast.dtl
　　JAMA　http://jama.ama-assn.org/misc/audiocommentary.dtl
　　The Lancet　http://www.thelancet.com/audio
　　BMJ　http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/
　　Annals　http://media.acponline.org/feeds/annals.xml

Mozilla Firefox3
　ブックマーク
　　Connotea　http://www.connotea.org/cloud
　　PubMed　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
　　WONCA　http://www.globalfamilydoctor.com/
　　日本プライマリ・ケア学会　http://www.primary-care.or.jp/
　　日本家庭医療学会　http://jafm.org/
　　日本総合診療医学会　http://www.jsgm.org/
　スマートブックマーク
　　厚生省新着情報
　　UMIN新着情報
　ブックマークレット
　検索プラグイン
　　PubMed
　　添付文書
　　英辞郎
　アドオン
　　OpenSearchFox　https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/3698
　　R Site Search http://addictedtor.free.fr/rsitesearch/
　　PubConn 　http://www.connotea.org/wiki/PubConn
　　Pubmed2Connotea　http://lindenb.integragen.com/pubmed2connotea/
　　Entity Describer　http://www.entitydescriber.org/
　　Greasemonkey　http://www.greasespot.net/
　　gDocsBar　http://www.gdocsbar.com/

OpenOffice.org3
　年賀状

R　＊最近デフォルトでGUIがない訳が分かりかけてきた…
　GUI
　　Rcmdr　http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/
　　JGR　http://stats.math.uni-augsburg.de/JGR/

ETC
　EMACS　＊バッドノウハウとは思いつつパソコンにであったときからの憧れ
　　yatex　LaTeXと連携
　　wanderlust　Gmailと連携
　　ESS　Rと連携
　Prism
　　Gmail
　　Reader
　　GoogleDocs
　　Google Calendar
　ウィンドウズソフトの起動
　　wine
　　　pptview　パワーポイント書類の閲覧
　ゲーム
　　囲碁　gnugo+quarry
　　将棋　GPSshogi
　文献管理ソフト　＊使用感を試して絞る。
　　referencer　http://icculus.org/referencer/
　　Pybliographer　http://pybliographer.org/
　　Jabref　http://jabref.sourceforge.net/
　Palmとの連携　＊使用感を試して絞る。
　　GnomePilot　http://live.gnome.org/GnomePilot
　　Kpilot　http://cvs.codeyard.net/kpilot/
　DICOMビューア　＊使用感を試して絞る。
　　Aeskulap　http://www.nongnu.org/aeskulap/
　　Kradview　http://www.orcero.org/irbis/kradview/
　　openDICOM.NET　http://opendicom.sourceforge.net/

"Connotea"とは

J Med Libr Assoc. 2008 April; 96(2): 175–176.の記事を訳してみました。

Connoteaは、ネイチャー出版グループのdel.icio.usの競合サービスで、科学者用に設計されたソーシャルブックマークです。しかし、普通のページのブックマーク管理ではなく、Connoteaの場合、科学論文の参考文献の収集や管理が目的です。ソーシャルなツールですので、あるユーザがブックマークした引用は公開され、同僚や世界中の研究グループと共有することができます。

他のソーシャルブックマークを使ったことのある人にとって、Connoteaは難なく利用できます。 このようなツールがはじめての方でさえ、Connoteaアカウントを取得し、使い始めるのに数分しか要しません。いったんユーザが、個人アカウントを開設(名前、ユーザ名、パスワード、およびEメールアドレスだけを必要とする簡単な手続き)すると、ワンクリックでConnoteaに参考文献を追加できるようにするブックマークレット、「ブラウザボタン」がインストールできるようになります。ブラウザボタンはFirefox、InternetExplorer、Safariのいづれのブラウザでも使えます。上級者用設定では、所属施設のOpenURLサーバとConnoteaアカウントを関連づけ、全文内容へのアクセスを容易にすることができます。

ユーザがConnoteaに参考文献を追加するには、いくつかの方法があります。最も簡単なのは、前述のブラウザボタンです。どんなウェブページからも、ブラウザボタンをクリックすると、ポップアップウィンドウが開き、ユーザがタグ(または、キーワード)、説明、コメントを加えたり、非公開にするためのチェックしたりすることができます。 タグは、一つでも複数でも可能です。また、一般的なフォームもConnoteaに文献を保存するのに利用可能になっています。そのフォームで、ユーザは、ただDOIの番号を入れれば、対応する全文記事をブックマークすることさえできます。ユーザはEndNoteのような文献管理ソフト、Firefoxのブックマーク、 BibTex、RIS、またはMODSファイルなどからの一括アップロードもできます。しかし、その場合、インポートされるのは対応したURLを有する文献だけに限られてしまいます。

他のソーシャル・ブックマーク同様、他のユーザが追加した文献を見ることができます。また、簡単に、タグや関連するユーザによるブラウジングで新たな情報元を発見することができます。"Popular Tags"のタグ・クラウドは開始するのに便利なページです。また、Nature.comのメインページには1日の最も人気なタグのいくつかが表示されています。タグ、ユーザ、タグとユーザ組み合わせで、関連したRSSフィードが発行され、簡単に新規情報の追跡ができます。標準のURL構文で、複雑なRSSフィードを作成するのは簡単になります。例えば、ユーザが"ben"または"timo"で、タグが"connotea"かつ"npg"であるRSSフィードを作成するには、URLは

http://www.connotea.org/rss/user/ben/timo/tag/connotea+npg

となります。

同僚や同分野の研究者との間で文献の共有を容易にするために、Connoteaはグループ機能を開発しました。どんなユーザも公開あるいは非公開でグループを作ることができます。そして、すべてのグループのメンバーの新しい引用は自動的にグループアカウントに追加されます。ユーザは、選んだブックマークだけをグループアカウントに送るように、プライバシー設定の追加の意見があがってきている。 del.icio.usにあるようなネットワーク機能がないので、個人の新しいブックマークを追跡するには、RSSを通して行います。

ただのソーシャル・ブックマークではなく、引用管理の機能をもち、Connoteaは雑誌の記事、本、ブログ、および他の参照タイプへの完全な引用情報を保管します。多くの一般的であるか科学指向のウェブサイトのために、Connoteaは自動的に雑誌の記事、本、およびブロッグに関連している図書目録のメタデータを捕らえて、分析します。自動的に捕らえられたメタデータがあるサイトに関する例はNature.com、Amazon、PubMed、BioMedCentral、arXiv、 PLoS、およびWiley Interscienceを含んでいます。メタデータが自動で取得できない情報源をを追加するときには、フォームで、ユーザは自分たちで完全な引用情報を入力します。このレベルに関するメタデータで、どんなConnoteaライブラリも別の図書目録の管理ツールへのエクスポートは簡単になります。

Connoteaは、del.icio.us同様、開発者がユーザのための新しいツールや機能強化を作成するのをConnotea APIを使用することで奨励します。多くのユーザによって作成されたツールが Greasemonkeyスクリプト(Firefox専用)です。Firefoxを使用していないユーザにも有益なツールがあります。開発されたツールの多くがConnoteaをPubMedと連携させるものです。Connoteaユーザのためにカスタム設計されたPubMed検索ツール"Connotea Client"から、各文献に"Add to Connotea"を表示するもの(PubMed2Connotea)、検索者にConnoteaに(PubConn)と多岐にわたっています。 1個の独特なツールがEntity Describerです。ブックマークを追加するとき、ユーザが医学問題表題集のような制御ボキャブラリーを利用するのを助けるように設計されたGreasemonkeyスクリプトです。 さらに、Connoteaのソースコード自体が、GNU一般ライセンスの下でダウンロード及び変更が可能です。

ソーシャル引用管理サービスの唯一競合するサービスはCiteULikeで、主に人文科学学者のために設計されたツールです。 ConnoteaよりCiteULikeが優れている点は携帯用のPDFファイルが保存できる点です。ユーザは、PDFファイルをCiteULikeにアップロードして、どこからでもそれらにアクセスすることができます。基本的なソーシャルブックマークのサイトやdel.icio.usにはConnoteaがするメタデータ能力がないので、研究者にとっては、Connotea は、より良いツールでしょう。科学者や研究者に焦点を当てると、医学図書館利用者は、他のソーシャルブックマークのサービスよりConnoteaのほうが、同僚や同分野の研究者を追跡したり協力したりしやすくなります。

要するに、Connoteaは、科学者、研究者、医学図書館司書が必要とする文献を見つけたり追跡するのに、非常に簡単で、時間を節約する方法なのです。

上記記事の重要リンクを抜き出してしておきます。

• "Connotea" URL:　http://www.connotea.org/cloud
  
• "PubMed" URL:　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
• "Connotea Client" URL:　http://www.urbigene.com/conclient/
• "Firefox" URL:　http://www.mozilla-japan.org/products/firefox/
• "Greasemonkey" URL:　http://www.greasespot.net/
• "Pubconn" URL:　http://www.connotea.org/wiki/PubConn
• "Pubmed2Connotea" URL:　http://lindenb.integragen.com/pubmed2connotea/
• "Entity Describer" URL:　http://www.entitydescriber.org/

参考までにubuntuでも使えるローカルでの引用管理ソフトのホームページも挙げときます。

• "referencer" URL: http://icculus.org/referencer/
  
• "Pybliographer" URL: http://pybliographer.org/
  
• "Jabref" URL: http://jabref.sourceforge.net/
  

OpenOffice.org 3.0 betaとoo-googledocs-integratorのインストール

OpenOffice.org 3.0 betaをインストールしてみた。ダウンロードしたファイルをホームに展開してから唱える呪文は、下の通り。

sudo dpkg -i ~/BEA300_m2_native_packed-2_en-US.9301/DEBS/*.deb

　ランチャは、コマンドを"/opt/openoffice.org3/program/soffice"として、アイコンは、
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/52/OpenOffice.org_2_icon.pngを利用した。これで、OO.o3は使える。

　さらにステップアップする。Java Runtime Environment 6をSynapticマネージャからインストールして、GoogleDocsやZohoとの連携をスムーズにするというプラグイン"oo-googledocs-integrator"を導入してみた。ダウンロードしたプラグインをTools-Extension Manager...からAdd... これで、OO.o3のメニューに"OOIntegrator"の項目が表示され、GoogleDocsの一覧が表示できるようになる。選択した文書をブラウザでは開けるが、まだOO.o3側では読み込めないようだ。今後の開発動向が楽しみなプラグインです。

ガンバレ、BMJ！ ガンバレ、俺！

　いつの間にか、イギリスの医学雑誌BMJでもポッドキャストを発信している。今年の千歳マラソンは、諸事情で参加できなくなったが、iPodと一緒にランニングーッを続けて、来年は20㎞挑戦かな…

Rのインストール、五段活用

思えば、ubuntuをクリーンインストールする度に、Rのインストールにてこずっている。そこで手順を繰り返しメモ。
1.SynapticからRのインストール: r-baseを選択
2.Rcmdrパッケージのインストール: 端末からRを起動して、install.packages("Rcmdr")
3.Rprofileの末尾に下記を追加: sudo gedit /usr/lib/R/library/base/R/Rprofile

setHook(packageEvent("grDevices

","onLoad"),function(...)
grDevices::ps.options(family="Japan1GothicBBB"))
library(Rcmdr)

4.アイコンの入手: http://developer.r-project.org/Logo/

5.Rのランチャの作成: デスクトップやパネルの好きなところで、右クリックしてランチャの生成。種類：端末内で起動する、名前：R、コマンド：R、アイコンをクリックして先に保存したアイコンを選択して、OK。

ここまで設定すると、アイコンからGUIが起動するようになる。

β版を追う。

　今回のubuntu 8.04には、Firefoxのβ版がデフォルトに設定されている。Amarokでも「Neonプロジェクト」とか言って、nightlyを簡単にフォローできるプロジェクトが始まった。私の環境では、起動しない…そして、今日になって、OpenOffice.org 3.0 Betaが公開されたと言うニュース。
　Web2.0の言葉が膾炙され始めた頃、その定義に「永遠のβ版」とか揶揄したものがあった。考えてみれば、未完成のサービスを提供し続けることに関して言えば、医療は当初からそうであり、逆に最近になってからサービスのパッケージ化とも言えるガイドラインが花盛りである。