Ubuntu based Family Medicine

「ネットワーク分析」関連リンク集

2010-02-13T17:33:00.000+09:00

ネットワーク分析を学習するにあたり、役に立つリンクを集めてみた。

共立出版Rで学ぶデータサイエンスシリーズのページ　
正誤表[PDF]　
詳細目次[PDF]
サンプルコード　NetworkAnalysisSampleCodes.zip　
Simple Network Analysis Tool. blog　
社会ネットワーク分析研究会　
snaパッケージ開発者による解説[PDF]　Butts, Carter T., 2008, "Social Network Analysis with sna,"Journal of Statistical Software, 24(6).

Rgeditのインストール

2010-02-12T17:39:00.000+09:00

統計解析ソフトRをエディタで使うには、EMACSでESSを使うのが王道なのだが、軟派な私はgeditから使うためのプラグインRgeditを採用することとした。そのインストール方法の記録です。

1. まずはここからダウンロード。
2. 次に端末で

cd ~/.gnome2/gedit/plugins/
tar -xjf ~/ダウンロード/RgeditXX.tar.bz2

3. 最後に、geditを起動して、編集→設定→プラグイン→R integrationをチェック。

geditのメニューのヘルプの後に、Rのメニューが表示されれば、インストール成功です。

Ubuntuのカスタマイズを手軽にする"Ailurus"

2010-01-18T13:07:00.004+09:00

ubuntuをインストールした時に、Ubuntu TweakやUltamatixをまず入れる人は多いだろう。そんな人にもう一つ、選択肢がある。それがFirefoxの学名に因んだ"Ailurus"というソフト。何が出来るかというと、

アプリケーションのインストールやアンインストール。オフラインでも可能。
APTミラーの速度を検出。最速のミラーを選択できる。
サードパーティのレポジトリの追加や削除。
隠されているGNOME GConfの設定。
Nautilusコンテクストメニューのカスタマイズ。
「今日のチップ」ダイアログを表示して、ユーザのUbuntuスキル向上に資する。

インストール方法は、端末から下記のコマンドを入力。

sudo add-apt-repository ppa:ailurus
sudo apt-get update
sudo apt-get install ailurus

100bpm

2009-11-26T01:06:00.000+09:00

心臓マッサージのリズム

2009-11-26T01:02:00.001+09:00

R言語で学びたいことの覚書を呟く

2009-11-18T01:47:00.005+09:00

テキストマイニング
フィールド疫学と空間疫学
ネットワーク分析

まずは、こことかここのRに関する投稿の振り返りから始めるとするか。

マイ・ディストリの開発のメモ

2009-10-31T02:18:00.006+09:00

Mozilla Firefox3

ブックマーク
　　Connotea　http://www.connotea.org/cloud
　　PubMed　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
　　WONCA　http://www.globalfamilydoctor.com/
　　日本プライマリ・ケア学会　http://www.primary-care.or.jp/
　　日本家庭医療学会　http://jafm.org/
　　日本総合診療医学会　http://www.jsgm.org/
スマートブックマーク
　　厚生省新着情報
　　UMIN新着情報
検索プラグイン
　　PubMed
　　添付文書
　　英辞郎
アドオン
　　R Site Search http://addictedtor.free.fr/rsitesearch/
　　PubConn 　http://www.connotea.org/wiki/PubConn
　　Pubmed2Connotea　http://lindenb.integragen.com/pubmed2connotea/
　　Entity Describer　http://www.entitydescriber.org/
　　Greasemonkey　http://www.greasespot.net/
　　gDocsBar　http://www.gdocsbar.com/

AdobeAir2

Lyx
　プレゼン、年賀状など。

R＋Rcmdr　http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/
ゲーム
　　囲碁　gnugo+quarry
　　将棋　GPSshogi+将棋所　http://shogiubuntu.blog60.fc2.com/blog-entry-28.html

文献管理ソフト
　　Mendeley + CiteULike

Androidとの連携
　Podcasts
　　NEJM　http://content.nejm.org/misc/podcast.dtl
　　JAMA　http://jama.ama-assn.org/misc/audiocommentary.dtl
　　The Lancet　http://www.thelancet.com/audio
　　BMJ　http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/
　　Annals　http://media.acponline.org/feeds/annals.xml

DICOMビューア　＊使用感を試して絞る。
　　Aeskulap　http://www.nongnu.org/aeskulap/
　　Kradview　http://www.orcero.org/irbis/kradview/
　　openDICOM.NET　http://opendicom.sourceforge.net/

その他
　emacs
　zsh
　screen
　dropbox
　データベースは？

家庭医療関連リンク一覧

2009-08-29T02:19:00.002+09:00

久しぶりの投稿が、メモ風リストってのも気が引けますが、

Ubuntuとの関わり

2009-08-01T22:38:00.003+09:00

自作PCにUbuntu Ultimate Editionを入れてから、Giverがデフォルトで入ってるくらいだから、あまり足すものもなくて、カスタマイズにかける情熱が失せてしまっている。HT-03Aを購入してそちらにかける時間が増えたせいとか、Chrome OSの開発が公表されてLXDEベースのオリジナルOSを作る意欲が削がれてしまったせいとかもあるのだけれど。それはそれでUbuntu自体が手を加えなくても充分実用になるってことを意味するわけだから、喜ばしいことである。
　今後は、Ubuntuをいじることよりも、Ubuntuで何がしかの成果を生むそんな段階に入っていかなければならないような気がしている。

Google OSを予想してみる

2009-07-23T00:14:00.003+09:00

実は、PCユーザの大半は、OSとブラウザの違いを知らなかったりする。それでOSとブラウザをシームレスにしようというアイディアは過去にもあった。例えば、アップルのCyberDogやマイクロソフトのWindows＋IEなど。それらが頓挫して、三度目の正直、GoogleがどんなOSを見せてくれるのか、ワクワクしている。Google Chrome＋Android環境＋LAMP＋Python＋JAVA＋…素人の私があれこれ詮索しても始まらないのだが。
　Openbox＋Google Chromeあたりで、疑似体験できるのかな？

Android前夜

2009-07-09T23:47:00.002+09:00

次にようなニュースが舞い込んだ。

一年後、Chrome OSとどのようなコラボレートができるようになっているのか楽しみです。

Tomboyの後継？　Gnote

2009-06-29T13:45:00.002+09:00

monoのプラットフォームを捨てて、C++でコードを書き直したもののようです。端末から、下記のコマンドを打ってインストールできます。Dropboxとの合わせ技が便利。

echo "deb http://ppa.launchpad.net/gnote/ppa/ubuntu jaunty main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/gnote.list
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 5AAB5553
sudo apt-get update
sudo apt-get install gnote

gPodderとiPodの同期

2009-06-22T13:52:00.004+09:00

今までがこれが出来なくて色々とプレーヤを物色していましたが、synapticからpython-pymadとpython-eyed3というモジュールをインストールすればいいだけの話だったみたい。これでNEJMのポッドキャストを持ち出して旅のお供に出来ます。

ubuntuのブラウザ三国志

2009-06-17T23:31:00.005+09:00

Mozilla Firefox 3.5 (Shiretoko)：　何て言っても豊富なアドオンが魅力、UbuntuにおけるIEですもんね。コードネームが北海道の地名ってのがいいね。
Opera Unite：　ブラウザを使って自分のパソコンをサーバーにできる。
Google Chrome：　シンプルなインターフェイスとGoogleが開発ということでの将来性。

　日本語のフォントの美しさは、Firefoxが抜きん出てます。使用感、体感速度はおいおい使い比べてみてから。

Google Squared

2009-06-05T01:00:00.004+09:00

　"Google Squared"ってサービスが出て、学生時代の表の暗記を思い出した次第です。画像のキャプチャは、PixlrというFirefoxのアドオンを使用しました。画像処理サービスPixlrと連携できるのが、便利。

AndroidとUbuntu

2009-05-28T01:10:00.002+09:00

AuでソニーエリクソンあたりからAndoroid携帯の発表を期待していたのですが、この夏はDocomoのHT-03Aのみのようですね。発売されたら、Docomoに出戻りの予定。Ubuntu 9.10では、AndroidExecutionEnvironmentが標準で搭載されるようですしね。

Carpe diem: "tint"の時間表示

2009-05-25T18:35:00.001+09:00

直接エディターで/home/name/.config/tint/tintrcを編集してやればいいのですが、そのときQuoVadisとかの欧米の手帳風に第何週とか今年の何日目とかの表示もできます。そのパラメータ一覧は下記の通り。

日
%j 　3 桁で先頭にゼロを含む年間での日付
週
%U 　指定した年の週番号。最初の日曜日を第一週の開始日とする
%V　 ISO-8601:1988 で規定された、指定した年の週番号。週の開始日は月曜日で、第 1 週は少なくとも 4 日はあることになる 01 から 53
%W 　その年の週番号の数値表現。最初の月曜日を最初の週の初日とする

「Rによる」と「Rで学ぶ」データサイエンス

2009-05-24T19:04:00.006+09:00

　この本をさらに充実した「Rで学ぶデータサイエンス（全8巻）」の発行予定日がAmazonにあったので、目次といっしょにアップしときます。

1.カテゴリカルデータ解析(2010年2月刊行予定)

カテゴリカルデータの取り扱い
カテゴリカルデータの集計とグラフ表示
比率に関する分析
２元分割表の解析
３元分割表の解析
ロジスティック回帰分析
ポアソン回帰分析
対数線形モデルによる解析
対応分析
樹形モデル
数量化の諸方法

2.多次元データ解析法(2009年9月刊行予定)

統計学の基礎
Rの基礎
線形回帰モデル
判別分析
ロジスティック回帰モデル
主成分分析法
対応分析法
因子分析法
正準相関分析法
多次元尺度法
クラスター分析法

3.ベイズ統計データ解析(2010年1月刊行予定)

ベイズ統計解析の基本
回帰モデルに関するベイズ推測
複雑なモデルのための計算法
MCMC法
階層的なベイズモデル
判別分析とパターン認識
状態空間モデルによるベイズ解析
トレンドの推定と季節調整
時変係数ARモデル
時変係数VARモデル
非ガウス型モデル
ヒューマンインタフェースにおけるデータ解析の事例
動的生産関数解析の事例

4.ブートストラップ入門(2010年1月刊行予定)

Rの使用準備とデータ解析の基礎
ブートストラップ法の概説
信頼区間の構成
仮説検定
回帰分析
時系列データ解析
効率的リサンプリング法

5.パターン認識(2010年2月刊行予定)

はじめに
判別分析
ロジスティック回帰
k-近傍法
密度推定
k-平均法
階層的クラスタリング
判別能力の評価
混合正規モデル
学習ベクトル量子化
サポートベクトルマシン
ミニマックス確率マシン
ブースティング
2値判別から多値判別へ

6.マシンラーニング(2009年6月刊行予定)

序論
重回帰
ノンパラメトリック回帰
Fisherの判別分析
一般化加法モデル(GAM)による判別
樹形モデルとMARS
ニューラルネットワーク
サポートベクターマシン(SVM)
生存時間解析

7.空間データ解析(2009年9月刊行予定)

地理空間データ
地理空間データの可視化
地理空間分布パターン
ネットワーク分析
地理空間相関分析
立地分析

8.ネットワーク分析(2009年10月刊行予定)

ネットワークデータの入力
最短距離
ネットワーク構造の諸指標
中心性
ネットワーク構造の分析
ネットワークの類似性
ネットワーク指標の有意性検定
モチーフ
複雑ネットワーク
グラフ描画

PLOS One × Connotea, CiteULike

2009-05-23T00:55:00.004+09:00

　オープンジャーナルの老舗とも言えるPLOS Oneがオンライン文献管理サービスのCiteUlike、Connoteaといつの間にかコラボレーションしてました。

新型インフルエンザとQuantum GIS

2009-05-21T00:04:00.006+09:00

　まだ新型インフルエンザの症例が確認されていない札幌でも、マスクが店頭から消えてしまい、NEJMでも新型インフルエンザには力をいれているようで、新型インフルエンザマップが開設されました。私も便乗して、LXubuntuに、Quantum GISというオープンソースのGISソフトをインストールしてみました。下記のレポジトリを追加すればインストールできます。

deb http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main

Open PGP鍵は、こちらです。

　画像では、空間統計学用のパッケージmaptoolsをインストールしたRも起動させてみました。

LXDE: パネルをtintに

2009-05-17T01:49:00.003+09:00

　ここを参照して、tintとtrayerをインストールして、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを下のようにしてみました。

@lxde-settings
@xscreensaver -no-splash
@tint
@trayer --expand true --transparent true --alpha 255 --edge bottom --align right --expand true --SetDockType true --widthtype request --margin 130)
@pcmanfm -d

ちょっと感傷的に

2009-05-08T00:53:00.000+09:00

タバコの煙が街角から消え、温暖化で吐く息が見えることが少なくなって、高まる見えないウイルスのリスク。危険なものは見えるようにしておいた方がいいという、一つの教訓。

テキストからマインドマップ

2009-05-07T00:27:00.002+09:00

オンラインで出きることはオンラインでと思い、探してみたらありました。テキストからマインドマップを作るサービス！名前もそのまんま、"Text2MindMap"、酔っ払った頭の体操にまたPrismアプリを作っちゃいました。Twitter風投稿ですね…

OpenDoc再来？　LXDEでPrism

2009-05-06T01:27:00.004+09:00

　ジョッブズが復帰する前のAppleが描いた絵は、こんな世界だったのだろうか？ネットのインフラが揃う前にOpenDocとかCyberDogとかというものをデザインしたAppleは、まるでギリシア人の直接の遺伝子を発現させたかのよう…

オフィス Google Docs http://docs.google.com/
文献管理 CiteULike http://www.citeulike.org/
画像エディタ Pixlr http://www.pixlr.com/
囲碁 Cosumi http://www.cosumi.net/

わざわざアプリ化しなくてもブックマークでいいんでないかい？、って気もするが。

「ライブCDの部屋」復活おめでとうございます…

2009-05-03T01:24:00.006+09:00

「ライブCDの部屋」が復活し、早速、私が今ハマっているLxubuntuの9.04を公開してくださってます！GWはずっと仕事なので、明けてからになりますが、これをベースにMyDistroを作ってみることにします。当面の課題は、

Firefox＋Greasemonkey＋WriteRoom for Google Docs
Prism＋Gdocs＋Appnr
OpenboxとConkyのカスタマイズ

あたりかな。Rによるネットワーク分析も等閑になってるけど。

　忌野清志郎さんを殺した煙草にも、よい効果があるという論文も…

"Nicotine-induced brain metabolism associated with anger provocation"

時代がヒステリックになっている要因に煙草が駆逐されつつある世相もあるのかもね。

LXDEのパネルをlxpanelからfbpanelに変更

2009-05-02T07:00:00.001+09:00

openboxのメニューからいろいろ出来るようになるとパネルが鬱陶しい。そこでパネルをlxpanelからautohideの機能があるfbpanelに変更してみた。

まず、/usr/share/fbpanel/に、ここをコピペしてdefaultファイルを設置する。
次に、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを編集して、"@lxpanel --profile LXDE"を"@fbpanel --profile default"とする。

これで再起動して、fbpanelのconfigureからGeneral > PropertiesのAutohideをチェックして、目的達成！

OpenboxでRSSリーダ

2009-05-01T14:05:00.006+09:00

　Openboxには、pipemenuという仕組みがあり、プラグインのように機能を拡張することが出来る。なかでもfeeder.pyというのはRSSフィードを読むことが出来て便利。手順は次の通り。

まず、python-feedparserをインストールしておく。シナプティックで可能。
その後、スクリプトを/usr/share/lxde/openbox/scripts/に保存する。
保存したスクリプトを開き、"User set variables"以下の設定部分で、購読フィードの名称とurlを記入、ブラウザとプレーヤを書き換える。
obmenuでaddボタンを押し、pipemenuを選び、タイトルは新着情報とかに、commandには/usr/share/lxde/openbox/scripts/feeder.pyとか記入して、保存。

　デスクトップで右クリックして、Openboxを立ち上げ、設定を再読込すると、OK。RSSフィードの数が多いと読み込み時間も長くなるので、２、３フィードが限界かな。

ObmenuでOpenBoxのカスタマイズ

2009-04-30T00:56:00.004+09:00

　最近は、Ubuntu 9.04のリリースに背を向けるように、LXDE/OpenBox環境をいじっている。何といっても、起動が速いし、アプリケーションもサクサク動く。特に、obmenuというOpenBoxのメニューを変更するGUIを知ってからは、Dock型ローンチャは止めてしまった。

sudo obmenu /usr/share/lxde/openbox/menu.xml

で簡単にメニューがGUIでカスタマイズできるようになる。私の環境では、直接日本語が通らないので、一度、ブラウザの検索窓に入力して、コピペするという面倒はあるが…

　OpenBoxについては、下記のサイトが参考になる。

まいにちスペイン語

2009-04-27T12:45:00.005+09:00

LODVGとか、ODBとかのスペインのバンドの楽曲を楽しむためと、4月に入って、スペイン語の勉強をNHKラジオ講座の「まいにちスペイン語」で再開していた。従来の文法項目の流れに沿わず、日常会話で使う短いフレーズを積み重ねていくという本講座のスタイルは、聞き漏らしがあってもコースの途中参加もしやすいし、画期的なことである。しかも、テキスト巻末の新しく開始された連載の読み物、「ラテンミュージックカフェ」とか、「愉悦の小説案内」とかが個人的な趣向に合っているのがうれしい。　

　しかし、これらとは別に、意外なことで毎日スペイン語に接するようになった。最大のスペイン語国家、ヌエバ・エスパーニャ、メキシコに端を発する豚フル情報収集のため、Google Newsのメキシコ版健康欄に目を通すようになったからだ。「航空ネットワークにおける感染症拡散リスクの評価〜SARSを分析事例として〜」を読むと、ニューヨークは、フランクフルト、バンコクに次いで航空機を介した東京への流入リスクが高い都市であり、国の水際作戦の強化は妥当な対応であろう。また、H1N1 Swine FluのGoogle Mapをマイマップに登録するとか、一目でその広がりがわかるサービスを利用して、それに応じた各家庭での準備を考え始めたほうがいいかもしれない。

　これを機に、多少のスペイン語のキーワードを紹介しておく。

Secretaría de Salud(Ssa)：（メキシコの）厚生省
　"salud"は「健康」という意味で、乾杯の時の掛け声にも使われる。そのときは、"Salud, amor, dinero y el tiempo para gozarlos."（健康と愛と金とそれらを享受する時間のために）という文句の省略形である。

gripe porcina：ブタ・インフルエンザ
　普通に豚というときは、cerdoとかの語が使われるが、porcinaは、主に学術用語として使われる形容詞の女性形である。基本的に名詞を修飾する形容詞は後ろにつくのは、同じラテン系の言葉フランス語などと同じです。実は、この性質索引などを引くとき概念の中心が句の先頭に来るので非常に便利なのです。発音を間違えて、por China言ってしまうと、「中国による」生物兵器という意味になるので、政治的な注意が必要でしょう。ちなみに、ハモン・イベリコで有名なイベリコ豚はその黒い足から"pata negra"（黒い足）と呼ばれます。

cubrebocas desechable：使い捨てマスク
　cubrebocasは、口(boca)をカバー(cubrir)するものという意味で、このような動詞＋名詞複数形という合成語は、スペイン語に非常に多く、英語版Wiktionaryには多くの例が挙げられています。同じマスクの意味の"tapabocas"もこの造語法によるものです。máscara（仮面）に縮小辞を加えたmascarillaもマスクという意味になります。

Distrito Federal（DF)：連邦区、メキシコシティのこと
　メキシコは、1つの連邦区（DF）と、31の州（Estado)で構成される合衆国（Estados Unidos Mexicanos）である。だから、合衆国と略して隣国のUSAを指すことは、はなはだ失礼な話ではある。首都メキシコシティの全域は、どの州にも属さず、連邦区庁長官（メキシコ市長）は、大統領によって指名・任命される。サパティスタ民族解放軍（Ejército Zapatista de Liberación Nacional、EZLN）が活動するチアパス州は、最南端で、グアテマラに接している。

caso, infectado：ケース（症例）、感染者

síntomas, cuadros：徴候、症状
　cuadroは辞書的には、「絵、絵画」という意味だが、医学的には病気が描き出す絵という意味から転じてだろう、症状という意味も持ちうる。スペイン語の文章の特徴として、なるべく同じ語を使わず言い換えるということがあるので、私のような語彙力の乏しい学習者泣かせである。

muerto, fallecemiento：死亡、逝去
　decesoもはじめて目にした単語だが、「死亡」という意味である。

本：「麻疹が流行する国で新型インフルエンザは防げるのか」

2009-04-17T14:21:00.004+09:00

　学会で上京するが、また新型インフルエンザ関連の講演がある。以前に何回か類似の講演は聴いたが、正直、私のような町医者に役に立つ内容ではない。いざパンデミーが起こっても、出来ることは、電話対応と抗ウイルス薬の処方ぐらいであろう。むしろ、エピデミックで押し寄せる患者さんを診ていると、いざそのとき、きちんと発熱患者さんは受診せずに家に居てくれるのか？抗ウイルス薬は滞りなく供給されるのか？医療全体では、通常の医療体制も綻びを見せているので、完全に医療システムは破綻することは、想像に難くないが、ベッドは確保できるのか？それらの不安に対し、「新型ウイルスとは？」に始まり、具体的な行動計画の到達に触れずに終わる講演では、むしろ、欲求不満が蓄積されるのである。

　そんなときに読んだ一冊である。内容に関しては、紀伊國屋書店のBookWebに詳しい。帯のコピーや前書き、章立てが書いてある。しかし、帯のコピーの「アメリカ116人vs日本27万8000人(2001年度の麻疹罹患患者数）」の部分が、故意かどうか、省かれているのが気にかかる。

　閑話休題。読後の感想。タイトルが大人しく感じた。「麻疹が流行する国で新型インフルエンザは防げるのか」という問いかけは、感染症に止まらない日本という哲学なき泥縄式システムへの根源的な批判ということを含意したかったものと推察する。同じ反語形式で、例えば、「派遣切りが横行する国で子供は増えるのか」とかいう連想が可能だからである。しかし、「感染症途上国、日本」とか「感染無防備列島」とか、センセーショナルなものでもよかったと思う。特に前半と結びの当たりは、医療者以外にも分かるよう感染症診療の問題点がすっきり整理されており、広く読まれるに値する一冊だからだ。

　私の新型インフルエンザに対する不安は払拭されないが、システムに対する漠とした不信が、本書では明示されており、いくぶん欲求不満は解消した。

こだわり：道具、みてくれ、言葉遊び

2009-04-16T00:47:00.001+09:00

Reinhard Mey - Über den Wolken

2009-04-12T01:43:00.002+09:00

　思い出深いドイツ・シュラーガー３曲のトリは、「雲の向こうに」。歌詞は、雲の向こうには自由が限りなく広がっているんだろう、と続きます。何か、クラウド・コンピューティングの向こうに広がるオープンソースの世界を暗示している歌ですね。

　YouTubeなどで検索すると、チュニジア系ドイツ人のラッパーBushidoの曲が上位に来ます。これも時代の流れですね。

Peter Maffay - ein Bild kann nicht lachen so wie du

2009-04-11T01:40:00.001+09:00

　タイトルは、「写真は君のように笑えない」

Christian Anders - Es fährt ein Zug nach Nirgendwo 1972

2009-04-10T01:29:00.001+09:00

　タイトルは、「当てもなく汽車が走る」くらいの意味でしょうか…懐かしくて泣きたくなりました。

ポリネシアン・トライアングルの対蹠地

2009-04-08T22:56:00.006+09:00

　何気に"Antipodes"（対蹠地）って言葉をwikipediaで調べたら、対蹠地を透かせた地図があったので壁紙にしてみました。

　ニュージーランド、ハワイ州、イースター島で出来るポリネシア文化圏の三角形をポリネシアン・トライアングルと言うらしいです。それぞれの地名を先住民の言葉で言うと、マオリ語で"Aotearoa"、ハワイ語で"Mokuʻāina o Hawaiʻi"、ラパ・ヌイ語で"Rapa Nui"で、先頭の文字をつなぎ合わせると、ニュージーランドの対蹠地スペインの言葉で言う「愛」（amor)になります。

　さらに地上の楽園、タヒチはちょうどこの三角形の重心くらいに位置し、先の3地域を含めた対蹠地は、スペイン、ボツワナ、パキスタン（モヘンジョダロ遺跡のあたり）、スーダンになります。楽園の対蹠地が「失敗国家」というのも皮肉がきき過ぎています。

LXDE: デフォルトの壁紙をポップな世界地図にする。

2009-04-07T02:17:00.002+09:00

cd /usr/share/lxde/wallpapers
sudo wget http://kelsocartography.com/blog/wp-content/uploads/2008/12/vladstudio_typographic_world_map_1600x1200.jpg

情報化されたUbiquitous病院

2009-04-05T08:09:00.006+09:00

最近、虚血性腸炎の疑われる方が続いて、文献を探していたら、下のものが目に留まった。

Park CJ et al. Can we predict the development of ischemic colitis among patients with lower abdominal pain? Dis Colon Rectum. 2007 Feb;50(2):232-8.

内容は、67ケースと80コントロールからロジスティック回帰で6つのリスクファクターを同定したというもの。

60歳以上の年齢(修正オッズ比5.7; 95%信頼区間: 2.6-11.7)
血液透析 (修正オッズ比5; 95%信頼区間1.2-21.6)
高血圧 (修正オッズ比4.9; 95%信頼区間2.3-10.5)
低アルブミン血症 (修正オッズ比3.5; 95%信頼区間1.8-6.7)
糖尿病 (修正オッズ比3.4; 95%信頼区間1.3-8.8)
便秘症惹起薬剤内服 (修正オッズ比2.8; 95%信頼区間1.1-7.1)

　そして危険因子の個数が0個、1個、2個、3個、4個以上で、それぞれ虚血性腸炎の可能性が、8％、21％、55％、79％、100％になるとのこと。症例数と最終モデルの因子数を考えると、危険因子がゼロでも診断の早期閉鎖をしてはいけないことの戒めくらいにとっておいた方がよさそう。

　今回、興味をそそられたのが、報告施設。翰林大学医療センターを成す江東聖心病院という高度IT化病院らしいが、決してハードウェアに伴って研究の質が上がるというわけではなさそうという至極当たり前な事実。よく手放しで、医療機関のIT化を推進したがる方を見受けるが、IT化はあくまでも手段で、何を目的とするかということが置き去りにされているように思う。現場のスタッフでもIT化に対する意見が分かれるのは、それぞれの働き方も違えば、期待も違うからなのであり、少なくともリサーチに関しては、IT化の先達は成果を挙げていない。

ついに完成！

2009-04-01T00:35:00.003+09:00

ってのは、エイプリルフールの嘘で…

　9月までには、こんなMyUbuntuをつくりたいなと。一応、名前は、JuSTuMuntu 8.10、コードネームは、"Rational Raccoon"と名付けました。

(127.274489 * 39.97) / 70 = 72.6737332

2009-03-31T03:19:00.004+09:00

フランスのアマゾンから、先日注文した７０枚組のマリア・カラスのCDセットを送りましたよとのメール。送料込みで1枚73円！

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Qté Article Prix Envoyés Sous-total
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1 Maria Callas : L'Intégrale de EUR 25,07 1 EUR 25,07

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Sous-total des articles HT: EUR 25,07
Frais d'envoi: EUR 14,90

Total TTC : EUR 39,97
Regle parVisa: EUR 39,97

Cet e-mail vous informant de l'envoi de votre commande termine ainsi le
traitement de votre commande.

--------------------------------------------------------------------------

ちなみに、
フランスでは、3,201.47円
http://www.amazon.fr/Maria-Callas-LInt%C3%A9grale-enregistrements-1949-1969/dp/B000TIO4Z0/

日本では、19,062円
http://www.amazon.co.jp/Callas-Complete-Studio-Recordings-1949-1969/dp/B000TIO4Z0/

アメリカでは、9,708.09円
http://www.amazon.com/Maria-Callas-Complete-Studio-Recordings/dp/B000TIO4Z0/

ドイツでは、10,537.64円
http://www.amazon.de/Complete-Studio-Recordings-1949-1969/dp/B000TIO4Z0/

イギリスでは、9,087.06円
http://www.amazon.co.uk/Maria-Callas-Complete-Recordings-1949-69/dp/B000TIO4Z0/

中国とカナダでは、取り扱ってない。英米独の値段が妥当なのだろうけど、日仏の5.95413982倍という価格差は何なんだ？

LXDEでwbarを自動起動する設定

2009-03-30T21:06:00.011+09:00

　ちょっと本気にオリジナルのLiveCDを作ってみようと思っている。Window Managerは、軽いLXDEがいいが、ドック型のローンチャも譲りたくない。そこで見つけたのが、wbarというものだが、新規アプリケーションの登録には、wbarconfというGUIの設定ツールは必須。wbarconfにも自動起動のオプションがないので、次のような手続きが必要。

　まず、下記のスクリプトを書いて、wbar.shとでもして、/usr/share/wbar/に入れる。

#!/bin/bash
sleep 15
wbar -above-desk -p bottom -isize 80 -nanim 5 -bpress

wbarのオプションなどは、wbar -helpで確認してみてください。
　次に、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartをエディタで開いて、下の一行を追加。

@/usr/share/wbar/wbar.sh

しかし、一難去ってまた一難、なぜかRがwbarから起動しない…Rのお神籤でも運勢は悪くないのに。

コクラン・コラボレーションのロゴ

2009-03-29T15:00:00.009+09:00

　コクランってのは、EBMの国連みたいなものだけど、詳しくは、ウィキペディアに任せる。主題は、そのロゴについて。これもホームページに説明が詳しいので、蛇足としてR関連の豆知識をメモしておく。

　統計環境Rのパッケージに"rmeta"というメタアナリシスのためのパッケージがあって、そのなかにロゴのもとになったデータが入っている。
Rを起動して、

install.packages("rmeta")
library(rmeta)

これでrmetaパッケージをダウンロードし、読み込みが終了。

?cochrane

でヘルプを表示すると、下方に下記のサンプルスクリプトが挙げられている。

data(cochrane)
steroid <- meta.MH(n.trt, n.ctrl, ev.trt, ev.ctrl, names=name, data=cochrane)
plot(steroid, col=meta.colors("RoyalBlue"))

これで作成されるグラフが、冒頭の画像の左半分となるのでした。

RのGUIに関することわざ３つ

2009-03-25T15:42:00.008+09:00

袖振り合うも多生の縁

先日"R"についての投稿をした矢先に、

Intelの元オープンソース戦略責任者，R言語のREvolutionに入社

というニュース。御本人も、REvolution社も知らなかったのだが、Rが取り持つ縁でニュースが入ってきた。

　早速、REvolution Computing社のサイトにアクセスし、REvolution Rをダウンロードしようとしたが、Linux版はなく、Windows版をダウンロードし、Wine環境でインストールしたが、起動に失敗してしまう...

灯台下暗し

何気に、Synapticで検索してみたら、Rのパッケージ"Rcmdr"が見つかった。Rからインストールするよりも断然早い。おまけに日本語で参考図書も出ている。

端末からsudo gedit /usr/lib/R/library/base/R/Rprofileを開いて、末行にlibrary(Rcmdr)を追加。デスクトップで右クリックし、ランチャの作成でコマンドに/usr/lib/R/bin/Rと入力して、アイコンは、ここからゲット。

捨てる神あれば拾う神あり

　結論は、ってことです。

発売が楽しみなR関連本2冊

2009-03-23T04:59:00.001+09:00

「Rによる統計解析」青木繁伸著オーム社
Rで学ぶデータサイエンス（全8巻）の第八巻「ネットワーク分析」鈴木努著共立出版

Rでのネットワーク分析の本が日本語で出るなんて、今日のWBC準決勝以上の感激です。
　

またやっちゃった！

2009-03-20T01:24:00.006+09:00

ここのせいです。

今日の略語２つ

2009-03-19T23:46:00.001+09:00

ECARD: Effective Candesartan And Reduced Dichlotride
XRANDR: X Window System Resize and Rotate Extension

　特に後者に今日は助けられました。誰彼構わず、"Happy Birthday"と言いたい気分になれました。ミュージックの日ですもんね。職場のPCモニターの入れ替えに際して解像度の設定でヘマやって、このコマンドに救われて、鼻歌の一つも出てこようとゆうもんです。

ファッションショーに出れないロボットモデル？

2009-03-18T00:35:00.004+09:00

「身長158センチ・超リアルな日本人女性型ロボット、ファッションショーに出演へ」というニュース。でも、Wikipediaによると、

2006年11月に、ブラジル人モデルのアナ・キャロリーナ・レストンがストレスによる拒食症が原因で、死亡した事を受けて、スペイン、イタリア政府は同年12月に、「やせ過ぎモデルは、少女達に異なった思考を植え付ける」として、BMIが18以下のファッションモデルのファッションショー出演を禁止した。アナの死をきっかけに、痩せすぎが原因で死亡したモデルの事例が次々に発覚し、「痩せ過ぎ＝不健康」という指摘が強まった。

ということなので、件の彼女の体重は、記事によるとバッテリー込みで43kg、そうするとBMIは17.2となり、イタリアやスペインではファッションショーには出れない…ラテン系の美の基準とされるボッティチェリの「ビーナスの誕生」のモデル、シモネタは、医学的にもっとも長寿とされるBMI、22.2であるという話を聞いたことがある。
　ファッションショー狙いは止めて、もっとガッチリ系でいいから介護の分野で実用に耐えるロボットを開発して欲しいですね。

BMIが気になる方は、こちらでチェック！

→「特定健康診断用計算器」

自作なもんで、ブックマークレット化もしちゃいました。

→bookmarklet:特定健康診断用計算器

今後十年で糖尿病を発症する確率もあわせて知りたい方は、こちらをチェック！

→"Welcome to the QDScore diabetes risk calculator"

Belle Perez "Hello World"

2009-03-17T01:43:00.001+09:00

　ベルギーの歌手、Belle Perezのデビュー曲のスペイン語バージョンです。そもそも両親がスペイン人で血筋では生粋のスペイン人らしいです。EUでは、EU市民は、平均で母国語以外に話せる言葉が一ヶ国語というラインを達成し、次は二ヶ国語を目標としており、あんまり何人とかいうのは意味をなさなくなってきているのかもしれません。曲は、4:30くらいから始まります。

こんな壁紙が欲しい！

2009-03-16T23:22:00.002+09:00

　UTCって、英語Coordinated Universal Timeでもない、フランス語の Temps Universel Coordonnéでもない、妥協の産物だったそうですね。
　ところで、Weather Wallpaperのような感じで、世界地図にubunteroが光り、ubuntuのDL数やリリースのカウントダウンを表示する、そんなソーシャルな壁紙を誰か開発してくれないかな…

ubuntu 8.10インストール後にした10+αのこと

2009-03-11T19:21:00.001+09:00

いい機会だから、Linux Chronicles .debさんの"10 Things to do after installing Ubuntu 8.10"の記事を真似てみた。そろそろカウントダウンが始まるJaunty Jackalopeのインストールの準備にもなるし…

1. メニューバーの「システム」→「システム管理」→「日本語環境セットアップヘルパー」でAdobe Flash Player PluginやAdobe Readerをインストール。

2. AdobeAirをインストールし、"TweetDeck"と「はがきデザインキット」をインストール。

wget http://airdownload.adobe.com/air/lin/download/1.5/AdobeAIRInstaller.bin && chmod +x AdobeAIRInstaller.bin && sudo ./AdobeAIRInstaller.bin

3. Ubuntu TweakとUltamatixをインストールする。両方ともホームページにdebパッケージがある。

4. 「システム」→「システム管理」→「Synapticパッケージマネージャ」からインストール。

Wine: LinuxでMicrosoft Windows用アプリケーションをネイティブ動作させることを目標とするプログラム群である。
pptview：パワーポイントプレゼンテーションのビューア
conky：本来は、軽量のシステムモニターだが、拡張性の高さ故に様々な情報をデスクトップに表示できる。後に記すデスクトップGTDの伏線。
gnugo：囲碁の思考エンジン。
gnubg：バックギャモンゲーム、何故か起動できない…orz
screenlets：デスクトップウィジェット
prism：デスクトップからGoogleなどのサービスを利用できるようにするソフト。
gPodder：Podcastアグリゲータ。下記に五大医学雑誌のポッドキャストを載せておく。

"Annals of Internal Medicine Podcast" http://media.acponline.org/feeds/annals.xml
"JAMA: This Week's Audio Commentary" http://jama.ama-assn.org/misc/jamapodcasts2006.rss
"Listen to The Lancet" http://podcast.thelancet.com/lancet.xml
"NEJM Interviews with PDF" http://podcast.nejm.org/nejm_audio_interview.xml
"NEJM This Week - Audio Summaries" http://podcast.nejm.org/nejm_audio_summaries.xm
"The BMJ podcast" http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/

Lyx：LaTeXで組版するワープロ
kexi：AccessやFileMakerProのようなデータベースソフト
referencer：文献管理ソフト
gcal:
gawk:

5. Windows用ソフトをインストール

AlphaChart：総合株価チャートソフト
Pajek：社会ネットワーク分析ソフト

6. Anthy辞書にCanada式医学辞書を追加。

参考：「Canada式医学用語変換辞書をAnthyに登録する方法」

7. 統計環境Rのインストール

(1) /etc/apt/sources.list ファイルをルート権限で編集
$ sudo gedit /etc/apt/sources.list

(2) 筑波大学のミラーを使う場合、次の一行を付け加える。
deb http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/ubuntu intrepid/

(3) Ubuntu レポジトリの公開鍵を入手
$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
$ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

(4) R 本体と Ubuntu に用意されているパッケージのインストール
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install r-base
$ sudo apt-get install r-base-dev
$ sudo apt-get install r-cran-*

8. Firefox機能拡張を整備

delicious Bookmarks: deliciousがブラウザ自体のブックマークのように使える。
Autodial: 新規タブによく見るページを一覧表示してくれる。
Add to search bar: 各サイトの検索を検索バーのエンジンに追加するのが簡単になる。
Greasemonkey + pubmed2connotea.user.js: 医学文献検索サイトPubMedが、オンライン文献管理サービスConnoteaやCiteULikeとの連携できるようになる。
TwitterFox:最近はCDCなどもTwitterしてます。
Extension List Dumper: インストールしているアドオン一覧を作成してくれる。

9. 標準のゲームを削除して、GoguiをインストールしてGnugoを登録。

Goguiをダウンロードしたら、
　cd ~/gogui-1.1.4
　sudo bash ./install.sh -p /usr/local -j /usr/lib/jvm/java-6-sun
GoGuiを起動して、Program→New Program→Commandに、
　/usr/games/gnugo --mode gtp

10. Terminal Screenlet、Todo.sh、オンラインストーレジサービスDropBoxをインストールしておき、conkyの設定ファイルを下記に書き換える。

TEXT
${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}カレンダー
${font Kochi Gothic:size=14}${execi 60 gcal --type=standard --highlighting='<:>:[:]' -s Su . | grep -v "^ *$" | colrm 23 26 | colrm 45 48}

${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}備忘録
${font Kochi Gothic:size=12}${execi 60 cat /home/name/Dropbox/todo/todo.txt}

11. 「アプリケーション」→「システムツール」→「Ubuntu Tweak / Ultamatix」で種々のソフトをインストール。

GnomeDo: MacOS Xで言えば、Dock＋Quicksilverという最強のローンチャ
Google Picasa:
Google Earth:

Ultamatixを使用していると依存関係が壊れることがあるので、修復したり、不要のものを消したりするコマンドを知っておくとよい。

sudo apt-get -f install
sudo apt-get autoremove

　こんなところを自動化するスクリプトを書いておけば、便利なのだが、そのスキルはない…orz　それにしても書き出してみて、気のついたことを列挙しておくと。

GoogleやAdobeへの依存度が高い。
PrismやDropBoxの利用でクラウド化が進んでいる。

Celia Cruz "Hay que empezar otra vez"

2009-03-10T12:34:00.000+09:00

正確に言えば、99bpmなのだが、ラテン流に細かいことは気にしない。キューバ革命後亡命し異国で生涯を閉じたサルサの女王。「アモーレス・ペロス」でも使われていた"La vida es un carnaval"とか有名だが、タイトルの曲のリフレインは、ubuntuを再インストールをする羽目になった状況にぴったり。

Hay que empezar otra vez　もう一度始めなさい。
Hay que empezar otra vez　もう一度始めなさい。
Lo pasado ya es pasado　過ぎたことは、過ぎたこと。
Ya lo pasao, pisao　過ぎ去ったことは、踏んづけちまいな。

やっちゃった…

2009-03-09T00:06:00.000+09:00

KnoppixのウィンドウマネージャがLXDEになったって聞いて、ubuntuでも導入してみたら、何か間違えて、gnomeのネットワークマネージャを削除してしまいました。スキルの乏しい僕には、解決策は、再インストールしか思いつきませんでした。でも、重要なデータさえDropboxなどにバックアップしておけば、そんな苦になる作業ではないのが、ubuntuの嬉しいところ…

La reina del baile - ABBA

2009-03-04T03:12:00.003+09:00

心臓マッサージのリズムは、100bpmってことで、同じリズムの音楽を紹介していきたいと思います。メリル・ストリープ主演の映画「マンマ・ミーア」でも使用されているABBAの"Dancing Queen"のスペイン語バージョンです。

　今更ながら、グループ名は、メンバーの２組の夫婦、アグネッタ・フォルツコグ、ビョルン・ウルヴァース、ベニー・アンダーソン、アンニ＝フリッド・リングスタッドの頭文字だったんですね。

"umuntu ngumuntu ngabantu"　「私は、あなたがいるお陰で、人間なのです」

2009-03-03T03:16:00.001+09:00

　南アフリカの公用語の１つ、ズールー語で古くから言い伝えられてきた言葉です。自由で無料のOSである"ubuntu"の名称はそんな素敵な言葉に由来しています。ハッカーが死に絶えない限り増え続けるアプリケーション÷￥０＝∞の希望が、このOSには詰まっているのです。

todo.sh+dropbox+conky+screenlets

2009-03-01T03:42:00.001+09:00

GoGuiに囲碁思考エンジンを追加

2009-02-27T00:48:00.003+09:00

環境に依って多少の違いはあるのでしょうが、GoGuiを起動して、Program→New Program→Commandに、

GnuGoの場合、

/usr/games/gnugo --mode gtp

Fuegoの場合、

/home/name/fuego-0.3.1/fuegomain/fuego

と入れてやればいいみたい。

　Fuegoでは、色々と設定できるみたいなので、perfectcloudsさんの「囲碁思考エンジンFuegoについて調べてみた」を参考に明日以降の課題としよう。

新しい囲碁環境

2009-02-26T00:05:00.004+09:00

　まずは、碁盤表示ソフトの"GoGui"をインストール。ダウンロードしたら、ホームにでも展開し、端末で展開したディレクトリに移動して、下記の呪文。蛇足だが、このようなネット上に記載されたコマンドを端末に打ち込むとき、Firefoxを使っていれば、"TerminalRun"というアドオンが非常に便利。

cd ~/gogui-1.1.4
sudo bash ./install.sh -p /usr/local -j /usr/lib/jvm/java-6-sun

　次に、思考エンジンして2008年International Computer Go Championship準優勝の"MoGo"をダウンロード、ホームに展開する。

　最後にアプリケーション→ゲームからGoGuiを起動し、Program→New Progamを選択し、commandの欄に下記をコピペする。

/home/name/MoGo_release3/mogo --19 --totalTime 1800

　頑張ってインストールしてからなんですが、19路盤にこだわらなければ、「オンライン囲碁ゲームCOSUMI」が、登録も不要で、手軽です。エンジンは、GnuGoだそうです。

デスクトップの三段活用

2009-02-25T08:17:00.002+09:00

一段目、ターミナルの貼り付け：デスクトップウィジェット"Screenlets"の"Terminal Screenlet"を使用。

二段目、Conkyを使って情報の表示："Todo.sh"をインストールして、todo.txtをオンラインストーレジの"Dropbox"に置いたのがミソ。

TEXT
${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}カレンダー
${font Kochi Gothic:size=14}${execi 60 gcal --type=standard --highlighting='<:>:[:]' -s Su . | grep -v "^ *$" | colrm 23 26 | colrm 45 48}

${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}備忘録
${font Kochi Gothic:size=12}${execi 60 cat /home/name/Dropbox/todo/todo.txt}

${font Kochi Gothic:style=Bold:size=14}厚生労働省新着情報
${font Kochi Gothic:size=12}${rss http://myrss.jp/rdf/r41c190ab699087790.rdf?v10 60 item_titles 10}

三段目、覚えたいことの壁紙を作成：原始的だけど、掛け算の九九を覚えたとき、壁に表を貼ったりしましたよね…

Jaunty Jackalopeにデフォルトで欲しい"Gnome Do"

2009-02-18T04:46:00.000+09:00

　Gnome Doは、0.8にバージョンアップし、Dockyという外観を得て、Macで言うところのQuicksilver + Dockという無敵のローンチャに成長しました。ぜひぜひubuntuの次期バージョンでは、デフォルトで入っていて欲しいアプリの一つです。

Canada式医学用語変換辞書をAnthyに登録する方法

2009-02-11T15:14:00.014+09:00

日医のORCAプロジェクトのレポジトリを登録

/home/name% echo "deb ftp://ftp.orca.med.or.jp/pub/packages/debian unstable/orca main" | sudo tee /etc/apt/sources.list

Canada式医学用語辞書をインストール

/home/name% sudo apt-get update && sudo apt-get install canna-canadamed

辞書（バイナリ）をホームにコピー

/home/name% sudo cp /var/lib/canna/dic/canna/canadamed.cbd /home

辞書（バイナリ）をテキストに変換

/home/name% dpbindic canadamed.cbd canadamed.mwd > canadamed.t

テキスト形式の辞書をAnthyの辞書ディレクトリにコピー

/home/name% cp canadamed.t /usr/share/anthy/dic/canadamed.t

Anthyの辞書リストに追加

/home/name% echo "canadamed.t" | sudo tee /etc/anthy/diclist

Anthyの辞書を更新

/home/name% update-anthy-dics

システムの再起動

/home/name% sudo shutdown -r now

これで「はしゅせいけっかんないぎょうこしょうこうぐん」も一発変換。

impress!veなプレゼンテーション

2009-02-10T04:28:00.007+09:00

　"impress!ve"とは、OO.oで作ったスライドをpdfにエクスポートして、MacのKeynoteのようなプレゼンができるソフト。Pythonで書かれており、ターミナルから起動する必要があるが、ネットにつながる環境にあれば、pdfファイルをDropboxとかに置いておいて、"impressive /home/name/Dropbox/sample.pdf"という芸当が可能。左クリックで次のスライド、右クリックで前のスライド、Enterキーでスポットライトが現れ、Tabキーでスライドの一覧が出来る。

Firefoxのキーボードショートカットのまとめ

2009-02-09T21:16:00.004+09:00

コントロールキー＋アルファベットキーで構成されるものをアルファベット順に並べてみました。

[Ctrl] + [ A ] = Select All
[Ctrl] + [ B ] = Bookmarks Sidebar
[Ctrl] + [ C ] = Copy
[Ctrl] + [ D ] = Bookmark in Delicious Delicous Bookmarks使用
[Ctrl] + [ F ] = Find in This Page
[Ctrl] + [ G ] = Find AGain
[Ctrl] + [Shift] + [ G ] = Find Previous
[Ctrl] + [ H ] = Browsing History
[Ctrl] + [ I ] = Page Info
[Ctrl] + [Shift] + [ I ] = DOM Inspector
[Ctrl] + [ J ] = Select Search Bar
[Ctrl] + [ K ] = Select Kensaku Bar
[Ctrl] + [ L ] = Select Location Bar
[Ctrl] + [ N ] = Open New Window
[Ctrl] + [ O ] = Open File
[Ctrl] + [ P ] = Print
[Ctrl] + [ Q ] = Quit
[Ctrl] + [ R ] = Reload Page
[Ctrl] + [Shift] + [ R ] = Force Reload Page
[Ctrl] + [ S ] = Save Page As
[Ctrl] + [ T ] = Open New Tab
[Ctrl] + [Shift] + [ T ] = Undo Close Tab
[Ctrl] + [ U ] = Page SoUrce
[Ctrl] + [ V ] = Paste
[Ctrl] + [ W ] = Close Tab
[Ctrl] +[Shift] + [ W ] = Close Window
[Ctrl] + [ X ] = Cut
[Ctrl] + [ Y ] = Download History, Redo
[Ctrl] + [ Z ] = Undo
[Ctrl] +[Shift] + [ Z ] = Redo

Gmail TasksをFirefoxのサイドバーに表示する方法

2009-02-05T11:52:00.003+09:00

またまたHAAYAさんとこのパクリなのですが、"http://mail.google.com/tasks/ig"をブックマークツールバーに登録し、プロパティのサイドバーに読み込むをチェックするという簡単な方法で、まさにコロンブスの卵的なライフハックで、RTMのようなサービスを使う機会が減ってしまいそうです。
　オリジナルには、スクリーンショットを使って懇切丁寧に解説してくれています。

Dapper

2009-01-31T12:58:00.001+09:00

「Dapper」ってのが、deliciousのフィードに引っかかってきて、Ubuntu 6.06 LTSのDapper Drakeことかと思ってたら、「Yahoo! Pipes」同様、フィードのないページからRSSなどを作成するサービスがあるようです。HAAYAの下記の投稿が参考になりそうです。

プライマリケアの現場からみるソーシャルキャピタル

2009-01-15T18:18:00.000+09:00

最近、医学分野でも、社会的ネットワーク分析を使った論文を時折目にするようになりました。最近のもので代表的なものは、下記のものでしょう。

Christakis NA, Fowler JH. The spread of obesity in a large social network over 32 years. N Engl J Med. 2007 Jul 26;357(4):370-9.
Fowler JH, Christakis NA. Dynamic spread of happiness in a large social network: longitudinal analysis over 20 years in the Framingham Heart Study. BMJ. 2008 Dec 4;337
Christakis NA, Fowler JH.　The collective dynamics of smoking in a large social network.　N Engl J Med. 2008 May 22;358(21):2284-6.

　いずれの論文にも顔を出しているChristakis NAという人は、GoPubMedで調べてみると、ハーヴァードメディカルスクール医療政策学科に在籍しており、日本人で社会疫学の第一人者、Kawachi Ichiro氏との関係も興味があるところです。

社会ネットワークに関しておすすめの本。

　あと、ジョン・ロールズとか、ピエール・ブルデューとか…

　ソフトに関しては、英語版Wikipediaの"Social network analysis software"の項にまとめられておりますが、Rのパッケージを抜き出しておくと、

igraph: 単純なグラフやネットワーク解析の一連のツール。大きなグラフの取扱いが得意で、無作為で規則的なグラフの生成、グラフの視覚化、中心性指標などなど。
sna: 一連の社会ネットワーク解析のためのツールで、ノードとグラフレベルの表示。, 構造距離と共変法、構造等値の探索、p* モデリング、無作為グラフ生成、二次元/三次元のネットワーク視覚化を含む。
statnet: ネットワークデータの表示、視覚化、解析、シミュレーションのための統合ツールで、network、ergm、latentnet、degreenet、networksisなどのメタパッケージから成っています。

　この分野で有名なPajekもLinuxでもWine上で使用できるようです。Journal of Statistical Softwareなんてジャーナルがあるんですね。

年賀状：現在、過去、未来

2008-12-26T00:05:00.004+09:00

去年は、年賀状作成は、OpenOffice.orgでやった。白舟書体や青柳衡山無料フォントなどフォントをインストールし、Impressで10×14.8cmの白紙背景を開き、素材を読み込み、配置。Calcで住所録を作り、Baseに登録。宛名は、Writerで差し込み印刷って具合。
　今年は、AdobeAirのソフトや投函までしてくれるオンラインサービスなど充実してきている。

　来年は、年賀状作成がubuntu導入を躊躇する理由にならない年になりそうな予感。

ジュンク堂が札幌にｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

2008-12-25T00:05:00.002+09:00

ってわけで、今日行ってまいりました。ubuntuやR関連の洋書を手にとって確認したかったのですが、残念ながら、洋書に関してはオープンセールでどうでもいいような本が並んでいただけでした。これから充実することを期待しましょう。その折には、韓国の教保文庫のように、和書、洋書混ぜて専門分野別に並べてくれると助かります。和書に関しては、さすが地下二階〜地上四階を占めるだけあって、おそらく紀伊國屋の三倍はあるのではないでしょうか。これから冬を迎え、大通り駅の34番出口からアクセス出きるのも便利です。普段、読まないような分野のコーナーなども回って、改めて世界の広さを再認識した一日でした。
　しかし、目的は達せず、結局、イブですので、The Fruitcake Factory & Sweet Table札幌エスタ店でケーキを、来年1月18日で撤退するロビンソンでハーベスター八雲のハーブ鶏のグリルチキンを買って、家に戻ってAmazonで一冊買ってしまいました。

　この本で使用されているlanguageRというRのパッケージはネットで公開されています。

GoogleGadgetsもLinuxにｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

2008-12-24T02:57:00.003+09:00

"Inside Google Desktop"によると、Google GadgetsがLinuxにも対応したみたい。getdebからダウンロード可能。

AdobeAirがLinuxにｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

2008-12-19T21:05:00.005+09:00

Adobe AIR 1.5のLinux版がリリースされました。インストーラをホームに落としたら、下記のコマンドでインストール。β版を使用していても自動的にアップデートされる模様。

% chmod +x AdobeAIRInstaller.bin
% sudo ./AdobeAIRInstaller.bin

　プロンプトが"%"で分かるとおり最近シェルはzshを使い始めた。マイコミジャーナルの特集「漢のzsh」の設定を~/.zshrcにコピペすると幸せになれる。株式会社はてなのCTO、伊藤直也氏の本も手元にあると、幸せ倍増。

破壊力を秘めたTwitterライクなサービス

2008-12-17T00:49:00.002+09:00

インフルエンザに関して言えば、公的機関の情報よりもML参加者で構成されたデータベースのほうが、流行の認知が早いということを、MLインフルエンザ流行前線情報DB主催者である西藤なるを先生は、GoogleやCDCより早くに看破しておりました。

　同様にネット上で、より簡便な、例えばTwitterライクな支持政党投票や視聴率調査などのサービス、「どこ入れる」とか「なに視てる」のようなのが現れ、集計結果がフィードバックされるようになると、第三権力にとっては致命的なような気がします。

　当然、サンプルがネットユーザに限られ妥当性に欠けるという批判もありましょうが…

インフルエンザの流行をネットで捉える

2008-12-13T00:10:00.000+09:00

朝日新聞から、

インフルエンザ、ネット検索増えれば流行の兆し　米研究 2008年12月12日9時13分
　【ワシントン＝勝田敏彦】インフルエンザの季節、インターネットで関連の言葉が検索される件数を見ると、その流行がある程度予測できることが米国の研究でわかった。体の調子が悪くなった人が、医療情報をネットで探そうとすることを利用したもので、関連論文が相次いで発表された。

　アイオワ大などのチームは、検索大手ヤフーと協力し、今年５月までの４年分の統計から関連語が検索される件数の推移を追った。すると、ウイルス検査で陽性反応が出始める１〜３週間前、死者が増え始める５週間前ごろに、検索件数が急増していた。論文は１０月、米感染症専門誌（電子版）¹に発表された。

　検索大手グーグルのチームも、米疾病対策センター（ＣＤＣ）と協力して同様の研究を行った。統計を取る検索語をうまく選ぶと、ＣＤＣが毎週発表している患者発生状況を１、２週間前に予測できるとしている。論文は１１月、英科学誌ネイチャー（電子版）²に発表された。

　グーグルは、米国内での状況を示すウェブサイト³も開設した。

　ただ、こうした手法が間違った予測を広めたり、検索の利用者のプライバシーを侵害したりする可能性がある、と指摘する声もある。

　国立感染症研究所によると、日本ではインフルエンザの定点調査⁴が大規模に行われており、自主参加の医療機関によるほぼリアルタイムの患者受診状況報告もある⁵。同研究所の安井良則主任研究官は「ネット検索は他の感染症にも応用できそうだ。特に、新しく流行する可能性のある感染症を、早く知るのに役立つ可能性がある」と話す。

面白い記事だけど、意図的にかどうか、ソースが分かりづらい。そこで脚注をつけてみた。

"Using Internet Searches for Influenza Surveillance" Clinical Infectious Diseases
"Detecting influenza epidemics using search engine query data" nature
Google Flu Trends
国立感染症研究所感染症情報センターのインフルエンザ流行レベルマップ
MLインフルエンザ流行前線情報DB

１は、無料では要旨しかアクセス出来ないのが残念。５は、私も参加しています。NEJMでもタイムリーにClinical Practiceに、"Prevention and Treatment of Seasonal Influenza"の記事、音声つきです！

医療崩壊の本質

2008-12-12T00:49:00.007+09:00

現在、私は日本社会で医療を担っていて、具体的には北海道で家庭医療に従事しています。履歴を言うと、基本的には内科医で、専門は呼吸器内科でした。その中でも肺癌とじん肺、さらに突き詰めれば、画像診断と生検のテクニック、ターミナルケア、じん肺と肺癌の関連あたりが、専門と言えそうな分野です、日本旅行医学会の認定医でもありますが。これは一例で、大抵の医師はこのような重層的なキャリアを持っていると思います。その人的資源の融通が効かなくなってきたこと、それが医療崩壊の本質のような気がします。

　なぜ融通が効かなくなったのか？　3点挙げてみます。

マスコミによる報道被害：内部から見ていると、明らかに医療は年々安全になっています。それに反比例して医療過誤報道が増えているのです。まさに医師は河原に石を積み上げる餓鬼同然ですね。根本は、医療が進歩して仕事が増えているのに人的資源がつぎ込まれず、個々の医師が専門を越えて働いていた状態が、マスコミの攻撃で、ある意味当たり前のことですが、専門以外の仕事や専門でもリスクの高い仕事を避けるようになってきたことでしょう。膨れ上がった風船が破れたのです。医療崩壊は早いと思います。プロとして質をあからさまに落として仕事を続ける医者はそう多くはないと思います。そうすると、まずは、アクセス、次に国が診療報酬の大幅なアップをしなければ、患者さんの負担増の順で矛盾が出てくるでしょう。きっとマスコミに対する恨みがあるのは、医療セクターだけではないでしょうが…
患者さんの医療サービス利用の拙さ：極端な専門医指向だったり、コンビニ医療を要求したり。だけど、これは自分たちの利権確保に明け暮れて、市民への啓蒙や教育界に対する働きかけを怠った医師会の自業自得ではあるのだけど。
医師のコモンセンスの喪失：医学の急激な進歩とそれに伴う情報の爆発的な増加に伴い、医者ならば、分かち合える共通の体験や感情というのが薄れてきていること。

　3.に関して卒前の医学教育に次の5項目を重視したらどうかと考えている。

ACLS；基本的に医師は命のサポートをしたくて医師になる。細かいことは抜きにして、ACLSは医者の必須スキルにすべきである。
コミュニケーションスキル：まぁ私も胸を張っては言えませんが、理解と誤解は紙一重です。
科学哲学、倫理学：決定的にこれが欠けているように思う。明治時代に西洋医学を教えに来てくれていたドイツ人の先生が、「日本人は我々が2000年かけて育んできたものの旨いところだけを早急に手に入れようとしている」ということを捨て台詞に帰国したという逸話を読んだことがある。彼らが、2000年かけて育んだもの、それこそが哲学であり、倫理学なのだ。
身体診断学：　お金のかかる設備がなければ、医者を出来ないという医者は、医者でないと思う。医者はどんな環境にあっても、その環境のベストを尽くそうとする、それが医者だと私は思っている。（ベストを尽くすことと、いい結果を得ることは、当然、異なる）ちょっと過激な発言かもしれないが…そういう心構えが、最大の国防だと思うのだが。
死の教育：産婦人科の先生には、怒られるかもしれないが、生はせいぜい２パターン、下から出るか、腹から出るか。それに比べ、死は、多様だ。堕胎、交通事故死、医療事故死、癌死、自殺、他殺、戦死、笑い死に、腹上死...そして殉職。だけど、死も、結局は、２パターン、脳死か心臓死か。少子化ばかり騒がれているが、高齢化ということは、多死化と同義だと言うことが忘れられてはいまいか？

酔っ払って書くと、脈絡がなくなる悪い癖。

携帯端末と電子カルテ

2008-12-08T12:21:00.006+09:00

携帯端末業界に激震が走る予感…

　携帯端末やネットブックに関心があるのは、2011年度末までに廃止されるという22万床の介護療養病床問題に絡んでだ。どたんばで覆されると踏んでいるが、もし実施されれば、いっきに訪問看護や往診の需要が増えることになるなりそう。そうすると電子カルテを導入しているクリニックでは、出先からの電子カルテ操作ってことが必要になってくるだろう。あとポータブル医療機器市場も賑わいそう。

　最近、診察室を持たずに、ネット上で予約をとる往診専業クリニックというものが、経営できないか、夢見ている。そして見果てぬ夢は、途上国などにそんなシステムを持っていくこと。

Fx: 小熊猫から大熊猫へ

2008-12-05T11:57:00.003+09:00

2004年11月9日に産声を上げたレッサーパンダ(Ailurus Fulgens)の名を冠したブラウザー、翌年の５月には直立し、今や、シェア20%を超えるジャイアントパンダ(Ailuropoda melanoleuca)にまで成長しましたね。IEはシェアを70%を切り、Windowsも9割を割ったようです。我らがubuntuも10.10の頃には、どれほどの成長を見せてくれるのでしょうか？米T-Mobileの"G1"とか豪Kogan Technologiesの"Agora"で姿を現し始めたAndroidやFONと連携も楽しみです。

【参考】Market Share|| Browser Market Share | Operating System Market Share

EBMへの道程

2008-12-03T01:30:00.004+09:00

　ギリシア医学のヒポクラテス、ローマ医学のガレノス、アラビア医学のイブンシーナ、ヨーロッパ医学として医学典範がラテン語に翻訳、そして、国民医学？　フランスでは、パスツール、マジャンディとか、ドイツではウィルヒョウ、コッホ、フロイトとか、さらに現代へ、ダーウィン、メンデル、ワトソンとクリック、最大多数の最大幸福を求めて統計学を援用したEBMへ。

お勧めリンク：EBM guidelines

窓を開けてAirを入れよう！

2008-11-28T01:23:00.000+09:00

Adobe Airをubuntuにインストールするには、まず本体をこちらからダウンロード。
そして例によって、端末から呪文を打つ。

~$ chmod +x adobeair_linux_b1_091508.bin
~$ sudo ./adobeair_linux_b1_091508.bin

お勧めのアプリを３つ。

「プリントマジック」年賀状にグッドタイミング。
「油マピオン」近所の安いガソリンスタンドが探せます。
"AOL Top 100 Videos"　ラテン音楽が聴き放題。

ubuntuで偽装Chrome

2008-11-27T07:22:00.002+09:00

　たった２つのFirefoxの機能拡張でも、ここまで偽装できます。メインは、Chrome Package、あとAuto Dialとか入れとくと、新規にタブを開いたとき、「よく見るページ」の一覧を表示してくれて便利。あとは、Integrated GMailとか、Google Gearsとか、gDocsBarとかが、個人的にお勧め。スクリーンショットでは、OS自体がXpGnomeで偽装していて分かりづらいので、Tomboyもいっしょに立ち上げてみました。

３つだけ覚えたいubuntuのショートカット

2008-11-26T00:12:00.000+09:00

"25 Useful Ubuntu Shortcuts To Make your Life Easier"を読んで、Alt + F2 などはRの起動で頻用するので知っていたが、感動したショートカット３つを選んでみた。

Shift + Ctrl + N　新しいフォルダーを作る
Ctrl + Alt + L　スクリーンロック
Win + マウスホイール　デスクトップのズームイン・ズームアウト

Circular Clinico-Cultural Process: AMOR

2008-11-25T01:26:00.003+09:00

1. Awareness: See and hear at top speed.

Clinical Practice
delicious http://delicious.com/
Google Reader http://www.google.com/reader/view/
Google Scholar + Yahoo Pipes http://pipes.yahoo.com/pipes/pipe.info?_id=gqzairKt3BGTuYwHGsevXg
Wikipedia http://en.wikipedia.org/
gPodder http://gpodder.berlios.de/ + Rockbox http://www.rockbox.org/

NEJM http://podcast.nejm.org/nejm_audio_summaries.xml
The Lancet http://podcast.thelancet.com/lancet.xml
Annals of Internal Medicine http://media.acponline.org/feeds/annals.xml
JAMA http://jama.ama-assn.org/misc/jamapodcasts2006.rss
BMJ http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/

Mozilla Firefox + Zotero http://www.zotero.org/
SurveyMonkey http://www.surveymonkey.com/
polldaddy http://www.polldaddy.com/

2. Mindmapping: Picture out your brain.

bubbl.us http://bubbl.us/
MindMeister http://www.mindmeister.com/

3. Operation: 3O's approach: First, put outcomes in columns, second, default status and options in rows, and ,third, calculate odds ratio

R + Rcmdr http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/
OpenEpi http://www.openepi.com/

4. Reflections: Talk about the fruits.

Blogger http://www.blogger.com/
Twitter http://twitter.com/
Slideshare http://www.slideshare.net/
Quarry + GNU Go (Go is also called "hand talk")
Skype http://www.skype.com/

Reference: Top 100 Tools for learning 2008

インフルエンザの季節

2008-11-23T00:32:00.002+09:00

当地では、確実にインフルエンザの流行の兆しが見える。でも意外とマスコミでは騒がれていない。ドサクサに紛れて、新型インフルエンザが発生したら、お手上げ！戦慄をおぼえる…せいぜい出来るのは、"HealthMap"のモニターとタミフルの備蓄ぐらいでしょうか。日々、患児の咽頭後壁という狭い世界を見ながら、地球に思いを馳せるのであります。

懐古趣味

2008-11-21T02:06:00.003+09:00

時々、そんな時代もあったなぁ〜と、3丁目の夕日してみたくなるときもある。そんなとき、"XpGnome"なんかいかが？あなたのubuntuがXPに早変わり！そして、同じことをするのにいかにubuntuが優れたOSなのかが体感できます。MacOSの同様なものが欲しいかも。

　あとインターフェイスがubuntuへの転向の障害になっている人に教えてあげてもいいね。いっそのこと、これをデフォルトにしたライブCDを配布するとか…法的な問題が絡みそうですが。

Wubi

2008-11-08T23:26:00.004+09:00

ubuntuを普及するには、Wubiの日本語サイトがあればいいのかも...暇がないから、サイドにリンクを貼ってお茶を濁す。
　月曜には、函館に出掛ける予定。札樽自動車道を降りて、国道393号に入り、国道５号に出る。そして長万部インターチェンジから高速に乗って函館新道を目指す。このコースを選んだ理由は２つある。きっとこれが最短距離で、グーグルマップでは、まだ393号が開通してないので、グーグルの鼻を明かしてやりたかったこと。２つ目、来年は、千歳マラソンをやめてニセコのトレイルランを目指そうと思うので、オーストラリアの植民地の下見というわけ。

最近のニュース雑感

2008-11-06T23:54:00.002+09:00

オバマ大統領勝利：人類に希望を与えてくれるのもアメリカ、一方でそれに反応してNY市場株価が下がるのもアメリカ。
小室哲哉逮捕：100億も稼いだらどうやって使おうかと看護婦さん達と話していた。豪華な家を建てて、世界一周でもして、ランクルでも買おうかという話になった。そこで、私はすかさず北海道でランクルを買うのは、ロシア人に盗まれるから危ないよ！と言って気付いた。100億も稼ぐ人は、そんなことは気にしないんだろうなぁ。
札幌にジュンク堂書店進出、そして旭屋書店撤退：専門書が豊富なジュンク堂が来るのは嬉しいニュース。アマゾンの利用機会が減るかも。東京に出掛けるインセンティヴも減少するなぁ。

テーマ「旬の有名人　検索数」

2008-11-03T12:44:00.005+09:00

「笑っていいとも」の企画ですが、Yahooでの検索数なんですね

麻生太郎：1310万件　とてつもない日本 (新潮新書 217)
上地雄輔：979万件　上地雄輔フォト&エッセイ『上地雄輔物語』
DAIGO：763万件 angelic smile/WINTER PARTY(初回限定盤)(DVD付)
青山テルマ：490万件　DIARY(通常盤)
石井慧：362万件　北京オリンピック男子アスリート集
世界のナベアツ：330万件　世界のナベアツ　３の倍数の時アホになるミニ音声電卓ＢＣ
ジェロ：272万件　カバーズ(初回限定盤)(DVD付)
はるな愛：247万件　ニューハーフ物語わたしが女にもどるまで
清原和博：243万件　オリックス・バファローズ 2008 ~男の花道を飾ったペナントレース猛追の軌跡~
鼠先輩：239万件　六本木~GIROPPON~

　便乗してアフィリエイトも貼ってみたが、それにしても医療崩壊が進み、世界恐慌の序章の今年も、ある意味平和で、教科書で習った歴史もこんなもんだったんでしょうね。

煙草の銘柄を変えて思うこと

2008-11-02T23:13:00.003+09:00

医者でありながら、煙草を止めれず、二十年近く経とうとしている。分かっちゃいるのに止められない。煙草は、「発癌の最大のリスクです。」と患者さんにも伝えてきたし、自分でもそう信じている。信じているからこそ止められないのかも…色々な死を見てきて、どうせ死ぬなら。告知さえされれば、癌で死ぬことが幸せではないかと思っている。多少痛みがあろうとも、自分が除痛できずに看取った患者さんのことを思えば耐えなければならないだろうし、何より、交通事故や他殺や心筋梗塞や…そんなことでの突然死とは違い、「さようなら」を言う暇があります。そう思っていました。
　でも、いろんなことを背負い込むと、ただ、さよならして死ぬわけにもいかなくなり、色々考えた挙句、銘柄を変えれば、慣れない風味で止められるんではないかと、まず銘柄を変えることにしました。Virginia Slim Menthol Lightからhi-lite RUM MENTHOLへ。死ぬために税金を多く払うことはありませんし、当然安い煙草に変更しました。
　そうするとBOXタイプでなくなって、封緘紙を開けるとき、私は、「人」を切らず、「入」から開けるようにしています。なにせ、内科ですから…そんなことを粉瘤の摘除をしながら考えておりました。
　いろんな医者が居りますが、私はそんな医者です。

ubuntu 8.10をインストールしたらすべき10のこと

2008-11-01T12:34:00.000+09:00

十月三十日以来、deliciousのフィードを見ていると、8.10の字が踊り、実は私の誕生日が八月十日なもので、悪い気がしない。その中で、非常にまとまった情報があったので…

＞10 Things You Should Do Immediately After Installing Ubuntu 8.10

ubuntuは、バージョンアップの頻度が高いので、インストール自体は簡単なのだが、データのバックアップ、ブラウザの機能拡張、システムの設定、コーデックのインストール、必須アプリの再インストールなどなど準備が大変。本来は、手順書を個々人で用意しておけばよいのだが、その辺のところの最大公約数が、上記の記事では、まとめられているような気がする。

　もうひとつ先月に嬉しいことがあった。国書刊行会から久生十蘭の全集の刊行が始まったこと。3ヶ月毎に刊行されるらしいので、こちらも順調にいくと、全巻出揃うのが、ubuntu 11.4がリリースされる頃。

可愛いストーカー

2008-10-29T01:22:00.000+09:00

今日、紹介したいソフトの名前。"Qtstalker"。テクニカル・アナリシスのソフトなんだけど、Synapticからインストールできるのは、ちょっと驚き。今まで、Wine上でAlphaChartを使っていたから、CSVファイルに書き出して、バックテストなんてのも出来るかも。

FLVを再生できるポケットミュージックプレーヤ

2008-10-27T13:23:00.002+09:00

Jennifer LopezとMarc Anthony夫婦のデュエット曲をYouTubeで探した。"No me ames", "Escapemonos", "Por arriesgarnos"がみつかった。最近は、Amarokと代替えファームウェアRockbox入りのiPodで音楽管理をしている。しかし、YouTubeからFireFoxのアドオンVideo DownloadHelperで落としたFLVは、いったんFFMPEGで変換してやらないと、iPodでは演奏できないのが、ちょっと面倒だった。ところが、Pasenというイタリアの会社のプレーヤだと、FLVファイルが直接演奏できるらしく、日本でも株式会社ハロッズを通じて販売される。イタリア製品らしいデザインの良さも目を魅く。OSやブラウザの多様化が、独自の周辺機器開発を促している印象ですね。

気になる製品三点

2008-10-22T08:20:00.004+09:00

年末も近づき、恒例行事の季節...年賀状はオンラインで済ませてしまおうと思う。

　そうすると、あとはクリスマスですね。自分向けのプレゼント候補として、気になっている三点を挙げてみる。

Chumby: 10月23日発売、¥29,400。ちっちゃなLinuxマシンとして興味深い。そう言えば、日経Linux8月号でも特集されておりましたね。
デジタルメモ「ポメラ」DM10: 11月10日発売、¥27,300。メモ帳に特化するという発想は面白いのですが、来年の手帳は、Quo Vadis Habana Businessを購入してしまいましたので、見送りです。将来的には、その役割もスマートフォンに吸収されそう。
Android携帯 T-Mobile G1:日本での発売は未定で、クリスマスには間に合わないと思いますが、携帯買い替えのとき、iPhoneかAndroid携帯かで迷うことになりそう。

心臓マッサージのリズム

2008-10-19T12:54:00.007+09:00

アメリカ心臓協会の蘇生法が、日本でも広く伝えられている。講習会などでは、1分間に100回のリズムを「アンパンマンの歌」とか、「地上の星」とか、「世界に一つだけの花」とかで覚えるということが流布しているが、本家のアメリカでも同様のことがなされているらしい。Bee Geesの"Stayin' Alive"がその曲。タイトルからして蘇生にぴったり。

　ググってみると、ことの始まりは、Currentsという雑誌の2006年秋号でAlonso Inaba先生の記事がきっかけらしい。まさに、ライフハック！
　いろんな世代の、いろんな国の100bpmの曲を集めたアルバムなんかを作って売上を何かの基金にするとか、できたらいいね。

どこでもPC

2008-10-18T00:48:00.003+09:00

ただでさえ景気悪くてPC売れなさそうなのに、

WebX: Web上のMacOSライクな環境
Ajax IME: Web上のIME

Googleアカウントとネットカフェがあれば、世界中どこででも生きていけそうな環境が整備されつつあります。

「EBMジャーナル」の休刊

2008-10-14T10:11:00.004+09:00

先日、EBMに関する投稿をした矢先、1999年12月に創刊された「EBMジャーナル」が休刊になるそうだ。編集後記では、十分にエビ好きの日本人医師を養成出来たことで雑誌の使命が果たせたことで休刊とするとのこと。同時に、EBMユーザの教条主義からの脱却とエビデンスの生産者としての役割が今後の課題として挙げられている。
　休刊の餞として各記事の重要リンクを挙げておく。

特集「実践！私のEBM」
私の情報収集—有料の二次媒体
The Cochrane Library

　Cochrane Library：EBMの総本山コクラン共同計画の成果

UpToDateの使い方　

　UpToDate：年三回更新だが、網羅性に優れている。
　MD consult：

ACP-PIER

　ACP-PIER：米国内科学会のサービス

DynaMedでエビデンスを手軽に手に入れよう

　DynaMed：毎日更新だが、疾患ベースの配列。
　Journal Watch：

Clinical Evidence

　Clinical Evidence：BMJのサービス
私の情報収集—無料の二次媒体
「Evidence-Based On-Call」がもたらしたもの

　EBOC：2003年以降更新されていない。

BestBETsとPedsCCM—救急・集中治療領域の二次情報源

　BestBETs：英国マンチェスター王立病院救急部による。EMJに連載中。
　PedsCCM：小児集中治療医学の論文レビュー

Google

　Google Scholar
　PubMed
私はだまされない—新しく生まれつつあるバイアス
企業主導型大規模臨床試験の問題点

　CASE-J試験：ブロプレス（武田薬品工業4502）
　JIKEI HEART study：ディオバン（ノバルティスファーマ）
　参考：他のARBには、ニューロタン（万有）、ミカルディス（アステラス製薬4503）、オルメテック（第一三共4568）、アバプロ（大日本住友製薬4506）がある。

サブグループ解析を読む際の注意点

　プライマリエンドポイントに有意差のないサブグループ解析は信用してはならない。
　交互作用の検定（異質性の検定が必要）

PROBE法の問題点

　ランダム化は行うが、二重盲検せずに、エンドポイントの評価をマスキングする。
　アウトカムに、症状や入院・手術という介入行為などが入ると情報バイアスが入り込む。

複合エンドポイントの問題点

　すべてのエンドポイントが同様に重要なものか？
　すべてのエンドポイントが同様の頻度で観察されたか？
　それぞれのエンドポイントで同様な相対リスク減少が見られたか？

アウトカム報告バイアス

　UMIN-CTR
　WHO ICTRP
私はこう決断する
EBMの自分史からみた私の臨床決断法　宮地良樹先生

　「患者さんが自分の親や子供だったらどうするか。」

初期研修，後期研修，生涯学習とEBM　岩田健太郎先生

　限界を認識し、寛容な、腰の低いEBM

MRIは脳卒中の診断に役立たない　池田正行先生

　MRI信仰は、医師患者の相互不信の産物。

横綱のふんどしで相撲を取ろう—臨床決断の根拠　仲田和正先生

　一流雑誌の総説の利用と得た知識の押し売り。参考：「西伊豆早朝カンファレンス」

There Ain't No Such Thing As A Free Lunch.　野口善令先生

　EBMでも分からないことはある。その時は、直感が意外と正しい。

　オープンソース教条主義者の私としては、Open MedicineやPLoS Medicineへの言及も欲しかったのですが…いずれにせよ、EBMの実践の最大の障壁は、英語の速読と、「嘘には三つの嘘がある。嘘と真っ赤な嘘と統計だ。」と揶揄される統計学の本質的な理解であろう。そして、それらを克服したとしても、解決される問題は、ごく一部で、未解決の問題は、やはり暗闇を手探りで進むしかないのである。だからといって、ニヒリズムには陥らず、臨床の現場からこつこつとエビデンスを作り上げていきましょうってことが、結論でしょうか。

知の入力系"Liferea"

2008-10-12T14:54:00.001+09:00

　複雑系である臨床の知は、経験が医学の言葉で語られ、それを耳学問した者がさらに自分の経験で強化し、語り継ぐという、ある意味、"Narrative based medicine"であった。その極致が、NEJMのCPC、様々なケースを臨床と病理という異なる視点から公開討論するという知の伝達。NEJMがこれをYouTubeのチャンネルで配信してくれたら面白いと思う。

　決してその知のあり方を否定するものではないのだが、1992年5月20日にJAMAに掲載された1本の総説論文は革命的であった。というのも、ベイズ理論を応用した経験の再解釈を、カーネマンがノーベル賞を受賞するのに先立って行ったのだから。その後、不定期に連載されている"The Rational Clinical Examination"が、やっと本になった。現在までに発表された70本余りの論文の中から53テーマを選び、原著論文の掲載以降に発表された知見も追加されている。

　これらの先人に肩車してもらうための道具が、"Liferea"。Gmail、RSS、podcastを一括してデスクトップに運んで来てくれる。

集中力のスイッチングコストを下げる”PyRoom”というエディタ

2008-10-11T12:49:00.004+09:00

今やブラウザが嘗てのOSの役割を果たし、メールでも文書作成でもブラウザ上でということが多くなった。しかし、なんでもブラウザでやっているとメールが来たり、新着情報が届いたりということで、肝心の仕事の集中力を途絶えさせてしまうのも確か。そこで他の情報を遮断して、目の前の仕事に集中するために背景の黒とテキストの緑のみを表示してくれるエディタが、"PyRoom"である。

　インストールは、シナプティックで下記のレポジトリを追加すれば、OKです。

deb http://ppa.launchpad.net/pyroom-dev/ubuntu hardy main
deb-src http://ppa.launchpad.net/pyroom-dev/ubuntu hardy main

　あまりにもシンプルで最初は使い方に戸惑うかもしれません。下記のショートカットが使えます。HelpとQuitくらいは覚えてから起動した方がいいでしょう。

Control-H: Show help in a new buffer
Control-I: Show buffer information
Control-P: Shows Preferences dialog
Control-N: Create a new buffer
Control-O: Open a file in a new buffer
Control-Q: Quit
Control-S: Save current buffer
Control-Shift-S: Save current buffer as
Control-W: Close buffer and exit if it was the last buffer
Control-Y: Redo last typing
Control-Z: Undo last typing
Control-Page Up: Switch to previous buffer
Control-Page Down: Switch to next buffer

Picasa3 for Linux(beta)

2008-10-04T13:13:00.003+09:00

Googleの写真管理ソフト"Picasa 3"がLinuxに対応になっています。動画機能はまだのようですが、Picasa Web Albumsとの同期がボタン一つになり、簡単なフォトレタッチの機能が付きました。また、Picasa Web Albumsには、MacのiPhotoからのアップロードが可能です。Googleの各種サービスとRockboxを同期してくれるというMobileMeのようなサービスがubuntuを介して出来るようになれば最高ですね。

　早速、ブログで使用したキャプチャ画像をコラージュしてみました。

Zekr：電子版コーラン

2008-10-01T20:36:00.005+09:00

昔、携帯型デジタル・コーランがインドネシアで大人気というニュースを読んだことがある。日本に来た２００人の看護師さんも携えてきたのだろうか。オープンソースでもZekrというソフトがあり、ubuntuにもインストールできる。アラビア語が分からなくとも、音声を聞いていると、敬虔な気持ちがこみあげて来て、スピリチュアルケアの環境としても利用できるかも、対訳は残念ながら日本語は用意されていないが、英語をはじめ欧米主要国の言語の他、インドネシア語、マレー語、ウルドゥー語、ペルシア語、ボスニア語など信者の多い言語の対訳も表示される。インストールは、下記の通り。

sudo gedit /etc/apt/sources.list
　　"deb http://ppa.launchpad.net/zekr/ubuntu hardy main"を行末に追加。
sudo apt-get update
sudo apt-get install zekr ttf-me-quran ttf-sil-scheherazade
sudo apt-get install ttf-farsiweb
sudo apt-get install flashplugin-nonfree
apt-cache search zekr-quran-translation
sudo apt-get install zekr-quran-translation-en-yusufali

　詳しくは、下記のサイトを参照してみてください。

使えるGoogleの小ネタ3題

2008-09-29T00:30:00.001+09:00

Firefox向けGoogleツールバー５（BETA):GoogleToolbar5がFirefoxでも使えます。
GoogleContacts: Gmailのコンタクトリストが独立して使えます。
CrossOverChromium:Google Chromeがubuntuでも使えます。

Rockbox

2008-09-20T13:03:00.006+09:00

今までiPodをAmarokで利用していましたが、Rockboxというオープンなファームウエアがあることを知りました。早速インストールしてみました。

参考サイト
Wikipedia
Rockbox公式HP
日本語でのインストールの解説

　とりあえず、iPodがハックされたのを見て感激。残念なのは、XPからでないとインストールできないこと…時間の問題だろうけど。

政治の季節

2008-09-17T00:29:00.003+09:00

何気にGoogle Labsを覗いてみたら、Gaudi(Google Audio Indexing)というサービスが始まっていた。端的に言うと、YouTubeでどんな人が何を言っているか検索するサービスみたい。デフォルトでは、大統領候補が「医療政策」について何を語っているか検索できる。Google Healthのサービス開始といい、Googleさんは、医療に感心がおありのようで…
　日本に目を向けると、政治家の皆さんは、YouTubeで何を語っているのでしょうか？

小児の頭皮裂創

2008-09-16T00:50:00.000+09:00

二年前までは、職業起因性呼吸器疾患という分野を専門にしていた。時が経てば、人は変わるもんで、今は、家庭医療と称して小児の急性疾患を多く診ている。そのなかでも、一定数あるのが、頭の怪我。子供を泣かせて傷を縫うのも躊躇われて、毛髪を寄せて結ぶという治療を第一選択にしている。けど、多くのやんちゃ坊主は、髪の毛が短い…そこで、医療用のエクステンションとか特許とったら、左うちわかな？とか、看護婦と話していたら、「ドクター夏井の外傷治療「裏」マニュアル―すぐに役立つHints&Tips」にもっと簡単な方法がありました。「ノベクタンスプレー」とか「ダーマボンド」とか使えばいいんですね。

ubuntuで使えるマインドマップのツール

2008-09-13T16:30:00.000+09:00

最近、記憶力の衰えが著名で、記憶法についていろいろ探していたら、ひとつのキーワードがマインドマップ。以前、トニー・ブザンの本を読んだことはあったが、実践は７２時間ボーイ。そこでHACK72のタグの下に、実践を公開する場を設けて見ようかと思ってる矢先です。

オンラインサービス

Synapticでインストールできるソフト

Ubuntu based Family Medicine

「ネットワーク分析」関連リンク集

Rgeditのインストール

Ubuntuのカスタマイズを手軽にする"Ailurus"

100bpm

心臓マッサージのリズム

R言語で学びたいことの覚書を呟く

マイ・ディストリの開発のメモ

家庭医療関連リンク一覧

Ubuntuとの関わり

Google OSを予想してみる

Android前夜

Tomboyの後継？ Gnote

gPodderとiPodの同期

ubuntuのブラウザ三国志

Google Squared

AndroidとUbuntu

Carpe diem: "tint"の時間表示

「Rによる」と「Rで学ぶ」データサイエンス

PLOS One × Connotea, CiteULike

新型インフルエンザとQuantum GIS

LXDE: パネルをtintに

ちょっと感傷的に

テキストからマインドマップ

OpenDoc再来？ LXDEでPrism

「ライブCDの部屋」復活おめでとうございます…

LXDEのパネルをlxpanelからfbpanelに変更

OpenboxでRSSリーダ

ObmenuでOpenBoxのカスタマイズ

まいにちスペイン語

本：「麻疹が流行する国で新型インフルエンザは防げるのか」

こだわり：道具、みてくれ、言葉遊び

Reinhard Mey - Über den Wolken

Peter Maffay - ein Bild kann nicht lachen so wie du

Christian Anders - Es fährt ein Zug nach Nirgendwo 1972

ポリネシアン・トライアングルの対蹠地

LXDE: デフォルトの壁紙をポップな世界地図にする。

情報化されたUbiquitous病院

ついに完成！

(127.274489 * 39.97) / 70 = 72.6737332

LXDEでwbarを自動起動する設定

コクラン・コラボレーションのロゴ

RのGUIに関することわざ３つ

発売が楽しみなR関連本2冊

またやっちゃった！

今日の略語２つ

ファッションショーに出れないロボットモデル？

Belle Perez "Hello World"

こんな壁紙が欲しい！

ubuntu 8.10インストール後にした10+αのこと

Celia Cruz "Hay que empezar otra vez"

やっちゃった…

La reina del baile - ABBA

"umuntu ngumuntu ngabantu" 「私は、あなたがいるお陰で、人間なのです」

todo.sh+dropbox+conky+screenlets

GoGuiに囲碁思考エンジンを追加

新しい囲碁環境

デスクトップの三段活用

Jaunty Jackalopeにデフォルトで欲しい"Gnome Do"

Canada式医学用語変換辞書をAnthyに登録する方法

impress!veなプレゼンテーション

Firefoxのキーボードショートカットのまとめ

Gmail TasksをFirefoxのサイドバーに表示する方法

Dapper

プライマリケアの現場からみるソーシャルキャピタル

年賀状：現在、過去、未来

ジュンク堂が札幌に ｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

GoogleGadgetsもLinuxに ｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

AdobeAirがLinuxに ｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

破壊力を秘めたTwitterライクなサービス

インフルエンザの流行をネットで捉える

医療崩壊の本質

携帯端末と電子カルテ

Fx: 小熊猫から大熊猫へ

EBMへの道程

窓を開けてAirを入れよう！

ubuntuで偽装Chrome

３つだけ覚えたいubuntuのショートカット

Circular Clinico-Cultural Process: AMOR

インフルエンザの季節

Tomboyの後継？　Gnote

OpenDoc再来？　LXDEでPrism

"umuntu ngumuntu ngabantu"　「私は、あなたがいるお陰で、人間なのです」

ジュンク堂が札幌にｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

GoogleGadgetsもLinuxにｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

AdobeAirがLinuxにｷﾀ━ﾟ∀ﾟ)━!!

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Zekr：電子版コーラン